有限公司出售厂房在符合相关法律法规和程序的情况下是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、土地性质与合法性
国有出让土地：
- 如果厂房所占用的土地是国有出让土地，且土地所有者（即有限公司）有权依法转让，那么在符合相关规定时，厂房出售是合法的。
- 例如，按照土地出让合同约定进行开发建设，完成一定投资开发比例等，都是合法转让的前提条件。
集体土地：
- 若是集体土地，一般不能直接出售给本集体经济组织以外的单位或个人。
- 但符合法定条件，如经过本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准等，通过土地征收转为国有土地后再依法出让等程序，也可能实现合法流转。
二、产权与法律状态
产权证书：
- 出售方需持有合法有效的产权证书，证明其对厂房拥有合法权益。
- 如果产权证书存在瑕疵或争议，将影响厂房出售的合法性。
法律状态：
- 厂房应无任何权属纠纷，不存在抵押、查封、共有等影响交易的情况。
- 若存在抵押，需先与抵押权人沟通并处理，确保交易前抵押权已解除。
三、交易程序与合规性
内部决议：
- 有限公司出售厂房属于处置重大资产，通常需要董事会或股东会的决议。
- 应召集并召开合法的股东会或董事会会议，就厂房出售事宜进行讨论并形成有效决议。
合同签订：
- 双方应签订书面合同，明确双方的权利义务，包括但不限于厂房基本信息、交易价格、付款方式与时间、交付时间与条件、产权过户责任、违约责任及争议解决方式等。
- 合同条款应合法、合规，不得违反法律法规的强制性规定。
产权变更登记：
- 交易完成后，应依法办理产权变更登记手续，确保买方取得合法的产权证书。
- 产权变更登记是厂房出售合法性的重要环节，不得省略或忽视。
四、用途合规性
- 厂房出售后的用途应符合土地规划和相关法律法规要求，不能擅自改变用途用于禁止性的项目建设。
- 如果买方计划改变厂房用途，应依法办理相关手续，确保用途变更的合法性。
建议：
- 在出售厂房前，有限公司应仔细查阅公司章程和内部规定，确保出售行为符合公司决策程序。
- 聘请专业律师进行法律审查，确保交易合法、合规。
- 与买方充分沟通，明确双方的权利义务和交易细节，避免后续纠纷。
如果您在出售厂房过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。