当案件立案后发现证据不足时，处理方式确实会因诉讼程序的不同而有所差异。下面我将从刑事诉讼、民事诉讼和行政诉讼三个角度，为您详细阐述处理方式及法律依据。
刑事诉讼中的处理
侦查阶段：
- 若公安机关在侦查过程中发现证据不足，无法证明犯罪嫌疑人有罪，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百六十三条，公安机关应撤销案件。
审查起诉阶段：
- 人民检察院在审查案件时，如果认为需要补充侦查，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。补充侦查的次数以二次为限。
- 经过两次补充侦查后，如果人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条第二款及第三款、第一百七十七条第一款，应作出不起诉决定。
审判阶段：
- 在法庭审理过程中，如果证据不足，不能认定被告人有罪，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定及精神，特别是关于无罪判决的部分，法庭应作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
民事诉讼中的处理
- 在民事诉讼中，立案后证据不足的情况下，负有举证责任的当事人需要承担不利后果。这意味着，如果当事人无法提供足够的证据来支持其主张，法院可能不会支持其诉讼请求。
- 法院在判决前会给予当事人机会去补充证据，但如果最终证据仍然不足，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第六十七条第一款和《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条，法院可能判决原告败诉。
行政诉讼中的处理
- 在行政诉讼中，被告对作出的行政行为负有举证责任，应提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件。
- 如果被告提供的证据不足，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第三十四条和第七十条，被告可能会承担败诉的后果。法院可能判决撤销或部分撤销行政行为，并要求被告重新作出行政行为。
应对建议
明确法律要求与现状评估：
- 系统梳理已收集的证据材料，分析缺失的关键环节。
- 了解立案所需的证据标准，评估现有证据是否足以支持诉讼主张。
针对性补强证据体系：
- 重新调查取证，对关键证人进行二次询问，核实细节矛盾点。
- 拓展证据来源，调取关联场所的公共视频、消费记录等间接证据。
- 构建证据链条，将分散证据按时间轴或逻辑关系串联。
借助法律程序推进：
- 在刑事诉讼中，如果符合自诉条件，可以考虑提起自诉。
- 对公安机关不予立案决定，可以申请复议或向上一级公安机关申诉，或向检察院申请立案监督。
- 在轻微刑事案件中，可以通过协商调解机制弥补证据缺陷。
风险防控与专业支持：
- 避免非法取证，确保取证过程合法合规。
- 聘请专业律师或司法鉴定专家提前介入，制定专项取证方案。
- 根据补侦进展及时变更诉讼请求或调整诉讼策略。
总之，无论是哪种诉讼程序，当立案后发现证据不足时，都需要依法进行处理。建议您及时咨询专业律师，了解相关法律规定，并采取合适的应对措施。