关于协议约定协调政府获取指标的协议是否有效的问题，这主要取决于协议的具体内容、目的以及是否违反了法律法规的强制性规定。以下从多个角度进行分析：
协议内容合法性：
- 如果协议中的“协调政府获取指标”行为本身不违反法律法规的强制性规定，且协议双方的意思表示真实、自愿，那么该协议在形式上可能是有效的。例如，若指标是通过合法途径申请、审批后获得的，且协议仅涉及双方对指标分配、使用等事项的约定，那么这样的协议通常是有效的。
- 然而，如果协议中的“协调”行为涉及行贿、受贿、滥用职权等违法行为，或者协议的目的本身就是为了规避法律法规的监管，那么该协议将因违反法律法规的强制性规定而无效。例如，若协议约定通过不正当手段获取政府指标，如伪造文件、贿赂官员等，这样的协议显然是违法的，无效的。
协议目的合法性：
- 协议的目的必须合法。如果协议的目的违反了公序良俗或者法律法规的强制性规定，那么即使协议的形式看起来合法，也可能因为目的不合法而被认定为无效。例如，若协议的目的是为了垄断市场、排除竞争，或者损害国家、集体或第三人的利益，那么这样的协议将是无效的。
协议双方主体资格：
- 协议双方必须具备相应的民事行为能力。如果协议的一方或双方不具备民事行为能力，或者存在欺诈、胁迫等情形，那么协议可能因主体资格问题或意思表示不真实而被认定为无效。
法律后果与风险：
- 如果协议被认定为无效，那么协议双方将无法依据协议主张权利或履行义务。此外，如果协议涉及违法行为，协议双方还可能面临法律责任，如行政处罚、刑事责任等。
建议：
- 在签订此类协议前，务必对协议的内容、目的以及对方的主体资格进行充分的审查和了解。
- 确保协议的内容合法、目的正当，并避免涉及任何违法行为。
- 如果对协议的合法性存在疑问，建议咨询专业律师进行法律审查，以降低法律风险。
总结来说，协议约定协调政府获取指标的协议是否有效，取决于协议的具体内容、目的以及是否违反了法律法规的强制性规定。在签订此类协议时，务必谨慎对待，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。