自建房合同中的违约金约定在符合一定条件下是有效的。下面我将详细解释这一结论：

一、合同违约金的一般有效性

根据《民法典》的相关规定，当事人可以约定在一方违约时，根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这表明，合同中的违约金条款，只要满足一定的条件，是具有法律效力的。

二、违约金条款有效的条件

1. 双方真实意愿：违约金条款必须是双方真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫等可导致合同被撤销的情形。
2. 不违反法律法规：条款内容不能违反法律法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。
3. 数额合理：违约金的数额不能明显过高或过低，以至于显失公平。过高或过低的违约金可能会使合同双方的权利义务失衡，当事人可以向法院或仲裁机构请求适当调整。

三、特殊情况下的处理

1. 违约金过高或过低：如果违约金的约定过高，远远超过了违约行为造成的实际损失，或者过低，低于实际损失，当事人都有权向法院或仲裁机构请求适当调整。
2. 合同存在可撤销情形：如果合同本身存在欺诈、胁迫等可撤销的情形，那么合同以及其中的违约金条款的效力就会受到影响。一旦合同被撤销，就会自始无效。

四、实例说明

例如，在自建房合同中，如果买卖双方约定了违约金条款，并且该条款是双方真实意愿的表达，内容不违反法律法规的强制性规定，数额也合理，那么该违约金条款就是有效的。如果一方违约，另一方就可以根据该条款要求违约方支付违约金。

综上所述，自建房合同中的违约金约定在符合双方真实意愿、不违反法律法规、数额合理等条件下是有效的。如果您在自建房合同中遇到了违约金相关的问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况给出更详细的法律建议。