超期使用土地产生的合同违约金能否开发票需分情况讨论，具体如下：

1. 若违约金与土地使用权转让或出租等主营业务直接相关，且收款方为增值税纳税人
   根据《增值税暂行条例》及实施细则，违约金属于价外费用范畴。若合同主标的为土地使用权转让、出租等增值税应税行为，超期使用产生的违约金应视为价外费用，由收款方按主合同适用的税率（如转让土地使用权为9%，出租不动产为9%或5%简易计税）开具增值税发票。此时需注意：

   • 合同中需明确违约金条款与主业务的关联性；
     
   • 收款方需在财务上将违约金并入主营业务收入申报纳税；
     
   • 发票项目栏应填写与主业务一致的名称（如“土地使用权转让违约金”）。

2. 若违约金与土地使用行为无关，或收款方非增值税纳税人

   • 非主营业务违约金：如因迟延交付土地、违反配套设施建设约定等产生的违约金，若不涉及土地使用权转让/出租等应税行为，则不属于增值税征税范围，无需开具增值税发票，可开具收款收据或普通发票（注明“违约金”）。
     
   • 非纳税人主体：若收款方为政府、事业单位等非增值税纳税人（如土地管理部门收取的行政性罚款），则不能开具增值税发票，只能开具财政票据或行政事业性收费收据。

实务建议：

• 签订合同时，建议明确违约金性质（是否与应税行为挂钩）及发票开具要求；
  
• 支付方若需税前扣除违约金，应优先取得合规发票（增值税专用发票可抵扣进项，普通发票可作为成本凭证）；
  
• 若发生争议，可结合合同条款、资金流向、业务实质等证据，通过税务机关判定是否属于应税范围。
  

如有进一步细节（如合同类型、主体身份等），可补充说明后为您具体分析。