在行政诉讼中，被告仅证明办案程序合法并不足够，还需证明行政行为实体合法。以下从多个角度进行分析：

一、程序合法与实体合法的关系

在行政诉讼中，被告（即行政机关）需要证明其作出的行政行为既符合法定程序，也符合实体法律规定。程序合法是行政行为合法性的一个重要方面，它确保了行政行为的作出过程遵循了法律规定的步骤、方式和期限等。然而，程序合法并不等同于实体合法。实体合法要求行政行为的内容本身符合法律、法规的规定，不侵犯公民、法人或其他组织的合法权益。

二、仅证明程序合法的局限性

1. 无法全面回应原告的诉求：在行政诉讼中，原告通常会对行政行为的合法性提出质疑，这种质疑可能既涉及程序方面，也涉及实体方面。如果被告仅证明程序合法，而未能证明实体合法，那么原告的实体合法性质疑将得不到有效回应。
2. 不符合行政诉讼的审查标准：根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，人民法院审理行政案件，对行政行为是否合法进行审查。这种审查是全面性的，既包括程序审查，也包括实体审查。因此，被告仅证明程序合法，无法满足人民法院的审查要求。
3. 可能导致行政行为被撤销或确认违法：如果被告仅证明程序合法，而未能证明实体合法，且人民法院在审查中发现行政行为存在实体违法的情况，那么该行政行为可能会被人民法院撤销或确认违法。这将给被告带来不利的法律后果。

三、被告应如何全面证明行政行为的合法性

1. 提供充分的证据材料：被告应提供与行政行为相关的所有证据材料，包括证明程序合法的证据和证明实体合法的证据。这些证据材料应能够全面、客观地反映行政行为的作出过程和内容。
2. 遵循法定程序进行举证：被告应按照法律规定的程序和要求进行举证，包括举证期限、举证方式等。如果被告未能在法定期限内提供充分的证据材料，或者提供的证据材料不符合法定要求，那么其举证将可能不被人民法院采纳。
3. 积极应对原告的质疑和反驳：在行政诉讼过程中，原告可能会对被告的证据材料提出质疑和反驳。被告应积极应对这些质疑和反驳，提供合理的解释和说明，以证明其行政行为的合法性。

四、实际案例分析

以一起行政处罚案件为例，如果被告（行政机关）仅提供了证明处罚程序合法的证据，如处罚决定书的送达回证、听证通知等，但未能提供证明处罚实体合法的证据，如违法事实的认定依据、处罚幅度的合理性说明等，那么人民法院在审查时可能会认为该处罚决定存在实体违法的情况，从而撤销或确认该处罚决定违法。

综上所述，在行政诉讼中，被告仅证明办案程序合法并不足够。被告还需要提供充分的证据材料证明行政行为的实体合法性，以全面回应原告的诉求并满足人民法院的审查要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。