个人还款协议中写的是“工资”，法院不一定会直接认为存在劳动争议，这取决于协议的具体内容、双方的法律关系以及争议的实际情况。以下从不同角度进行分析：

1. 协议内容与法律关系：

   • 如果个人还款协议中虽然提及“工资”，但协议的实质内容是关于个人之间的借贷关系，且双方并无劳动关系，那么法院在审查时，会重点考察协议的实际履行情况、双方的真实意图以及是否存在其他证据证明借贷关系的存在。在此情况下，法院不太可能仅因协议中提及“工资”就认定存在劳动争议。
   • 如果个人还款协议实际上是基于劳动关系而产生的，比如员工因个人原因向公司借款，并约定以工资抵扣还款，那么这种情况下，协议与劳动关系紧密相关，法院在处理时可能会将其视为劳动争议的一部分，尤其是当争议涉及工资支付、借款抵扣等劳动权益时。

2. 争议焦点与诉讼请求：

   • 法院在判断案件性质时，还会考虑争议的焦点以及原告的诉讼请求。如果原告的诉讼请求主要围绕借贷关系的成立、履行及违约责任等，那么法院更可能将案件定性为民间借贷纠纷，而非劳动争议。
   • 如果原告的诉讼请求涉及工资支付、加班费、经济补偿等劳动权益，且这些权益与还款协议中的“工资”条款紧密相关，那么法院可能会将案件视为劳动争议，并依据劳动法律法规进行审理。

3. 法律适用与程序规定：

   • 劳动争议与民间借贷纠纷在法律适用和程序规定上存在显著差异。劳动争议通常需要先经过劳动仲裁程序，对仲裁结果不服的，才能向法院提起诉讼。而民间借贷纠纷则可以直接向法院提起诉讼。
   • 因此，如果法院认为案件性质属于劳动争议，那么可能会要求当事人先进行劳动仲裁，再根据仲裁结果决定是否受理诉讼。如果法院认为案件性质属于民间借贷纠纷，则可能直接进入诉讼程序。

建议：

• 在签订个人还款协议时，应明确协议的性质和目的，避免使用模糊或容易引起歧义的表述，如“工资”等，如果确实涉及工资抵扣等劳动关系内容，应在协议中明确说明，并附上相关证据。
• 如果发生争议，应根据争议的实际情况和诉讼请求，选择合适的法律途径和程序进行维权。如果对案件性质或法律适用存在疑问，建议及时咨询专业律师，以便得到更准确的法律意见和帮助。

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