结论：公司有司法案件时，股东是可以进行变更的，但这一变更过程可能会受到一定限制，并需考虑多种因素。以下是对这一问题的详细分析：

一、股东变更的法律依据与原则

股东变更，通常指的是公司股东将其持有的股份转让给他人，从而改变公司的股东结构。这一行为在《公司法》等法律法规中有明确的规定，原则上，股东有权依法转让其股权，这是股东的基本权利之一。因此，即使公司存在司法案件，股东依然有权进行股权转让，即股东变更。

二、司法案件对股东变更的限制

然而，当公司涉及司法案件时，股东变更可能会受到一定的限制。这些限制主要来源于以下几个方面：

1. 法院冻结股权：如果法院因公司涉及诉讼而冻结了公司的股权，那么在该股权被冻结期间，股东将无法进行股权转让。这是为了防止股东通过转让股权来逃避法律责任或损害债权人的利益。

2. 公司章程或股东协议的限制：公司章程或股东协议中可能包含对股东转让股权的限制性条款。例如，可能规定股东在特定情况下（如公司涉及重大诉讼）不得转让股权，或者需要满足特定条件（如其他股东的优先购买权）才能进行转让。

3. 法律法规的特别规定：在某些特定情况下，法律法规可能对股东转让股权有特别规定。例如，对于上市公司，证券监管机构可能对股东转让股权有更为严格的监管要求。

三、股东变更的实际操作与注意事项

在实际操作中，如果公司涉及司法案件且股东希望进行变更，需要注意以下几点：

1. 了解股权状态：在转让股权前，股东应首先了解股权是否被法院冻结或存在其他限制情况。这可以通过查询公司登记机关或法院的相关记录来实现。

2. 遵守公司章程和股东协议：股东应仔细阅读公司章程和股东协议，了解其中对股权转让的限制性条款，并确保自己的转让行为符合这些规定。

3. 履行通知义务：如果公司章程或股东协议规定了其他股东的优先购买权或其他通知义务，股东应履行这些义务，以确保转让行为的合法性。

4. 办理变更登记：股权转让完成后，股东应及时到公司登记机关办理变更登记手续，以更新公司的股东信息。

四、法律后果与风险

如果股东在公司涉及司法案件期间未经允许擅自转让股权，可能会面临以下法律后果和风险：

1. 转让行为无效：如果股权被法院冻结或存在其他限制情况，股东擅自转让股权的行为可能会被认定为无效。

2. 承担法律责任：股东可能因违反公司章程、股东协议或法律法规的规定而承担相应的法律责任，包括赔偿损失等。

3. 影响公司信誉：股东的不当转让行为可能会影响公司的信誉和形象，进而对公司的经营和发展产生不利影响。

封建国律师建议：在公司有司法案件时，股东变更虽然可能，但需谨慎操作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。