结论：分公司不是独立法人，但通常可以开保函，且在一定条件下是合法的。不过，具体能否开具以及合法性需结合保函类型、分公司授权情况及相关法律法规综合判断。

一、分公司非独立法人地位对开保函的影响

分公司作为总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。然而，这并不意味着分公司不能开展业务活动或签订合同，包括开具保函。在实际操作中，分公司经常以自己的名义从事经营活动，并签订各类合同，包括保函合同。

二、分公司开保函的合法性分析

1. 基于总公司授权的合法性：

   • 分公司开具保函的合法性，首先取决于总公司是否给予了相应的授权。如果总公司明确授权分公司可以开具保函，并且分公司按照授权范围进行操作，那么这种行为是合法的。
   • 授权可以是书面的，也可以是口头的，但为了证明授权的真实性和明确性，建议采用书面形式，并明确授权的范围、期限等关键条款。

2. 保函类型的合法性：

   • 保函的类型多种多样，包括但不限于投标保函、履约保函、预付款保函等。不同类型的保函，其开具的条件和要求也可能不同。
   • 分公司开具的保函，必须符合相关法律法规的规定，以及银行或相关机构的要求。例如，某些保函可能需要总公司提供反担保或提供其他形式的担保措施。

3. 遵守相关法律法规：

   • 分公司在开具保函时，必须遵守国家相关的法律法规，如《公司法》、《担保法》（虽已废止，但相关原则在《民法典》中得以延续）以及银行或相关机构的具体规定。
   • 特别是要注意保函的开具是否涉及非法集资、诈骗等违法行为，以及是否违反了金融监管的相关规定。

三、实际操作中的建议

1. 明确授权范围：

   • 总公司在授权分公司开具保函时，应明确授权的范围、期限、保函类型等关键条款，以避免后续纠纷。

2. 加强内部管理：

   • 分公司应建立健全内部管理制度，确保保函的开具、管理、履行等环节都符合相关法律法规和总公司的要求。

3. 及时沟通与反馈：

   • 分公司在开具保函过程中遇到任何问题或困难，应及时与总公司沟通，寻求支持和指导。同时，也应定期向总公司反馈保函的履行情况，以便总公司及时了解并采取措施。

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