结论：网店遇到职业打假并已退款后，工商投诉是否有效需视具体情况而定，但退款行为本身并不直接导致工商投诉无效。以下从多个角度进行分析：
一、工商投诉的有效性基础
工商投诉的有效性主要取决于投诉内容是否符合相关法律法规的规定，以及投诉人是否提供了充分的证据支持其主张。在网店遇到职业打假的情况下，如果投诉人（即职业打假人）认为网店存在违法行为（如销售假冒伪劣商品、虚假宣传等），并能够提供相应的证据（如商品照片、交易记录、聊天记录等），那么其向工商部门进行投诉是有效的。
二、退款对工商投诉的影响
退款不改变违法行为的事实：
- 退款是网店与消费者之间的一种民事行为，它可能解决了双方之间的纠纷，但并不改变网店之前可能存在的违法行为。如果网店确实存在违法行为，那么即使已经退款，工商部门仍然可以依法对其进行查处。
退款可能影响投诉人的动机：
- 在某些情况下，职业打假人可能以获取赔偿为主要目的。如果网店已经退款，投诉人可能因此失去继续投诉的动力。然而，这并不意味着投诉本身无效，因为投诉的目的是为了维护市场秩序和消费者权益，而非仅仅为了获取赔偿。
退款不构成对投诉的抗辩：
- 网店不能以已经退款为由，主张工商投诉无效。工商部门在处理投诉时，会综合考虑投诉内容、证据以及相关法律法规的规定，而不会仅仅因为网店已经退款就驳回投诉。
三、网店应如何应对
积极配合工商部门的调查：
- 如果网店收到工商部门的调查通知，应积极配合调查工作，提供必要的证据和资料，以证明自己的清白或说明情况。
加强内部管理：
- 网店应加强内部管理，确保商品质量符合相关法律法规的规定，避免虚假宣传等违法行为的发生。这有助于减少被职业打假人投诉的风险。
寻求法律帮助：
- 如果网店认为职业打假人的投诉不实或存在恶意投诉的情况，可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、法律后果
- 如果网店确实存在违法行为，即使已经退款，工商部门仍然可以依法对其进行处罚，包括罚款、没收违法所得、责令停业整顿等。
- 如果职业打假人的投诉不实或存在恶意投诉的情况，网店可以通过法律途径追究其法律责任，包括要求赔偿损失、恢复名誉等。
建议：网店在遇到职业打假并已退款的情况下，不应忽视工商投诉的可能性。应积极配合工商部门的调查工作，同时加强内部管理，确保商品质量和服务质量符合相关法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。