您好，针对您提出的“诊所营业执照注销了医保协议还有效吗”这一问题，我可以明确地告诉您，诊所营业执照注销后，其医保协议将不再有效。以下是我为您详细解释的原因和依据：

首先，我们需要明确医保协议的性质。医保协议是行政机关（即医保经办机构）为了实现行政管理或公共服务目标，与公民、法人或其他组织（即定点医药机构）协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。它属于行政协议的一种，具有行政优益权，即为了实现行政协议的正常履行，赋予行政机关一定的管理权。

接下来，我们来看医保协议解除的适用条件。根据相关法律法规和规章，医保协议的解除主要有约定解除和法定解除两种情形。其中，法定解除的情形包括多种，其中与本题直接相关的是“被吊销、注销医疗机构执业许可证或中医诊所备案证的”。当诊所的营业执照被注销时，其作为定点医药机构的资格也将随之丧失，因此医保协议自然不再有效。

此外，从实际操作的角度来看，医保经办机构在签订医保协议时，会要求定点医药机构提供相关的资质证明文件，包括营业执照、医疗机构执业许可证等。这些文件是医保经办机构评估定点医药机构是否符合医保定点条件的重要依据。一旦这些文件被注销或失效，医保经办机构将有权解除医保协议。

以北海市海城区安喜蓝刺猬口腔门诊部为例，该门诊部因营业执照的类型变更（由个体工商户变更为有限责任公司(自然人独资)）而注销了原营业执照，并根据相关规定终止了与医保经办机构签订的医保协议。这一案例也进一步印证了我们的观点。

综上所述，诊所营业执照注销后，其医保协议将不再有效。如果您或您的诊所面临类似情况，建议您及时与医保经办机构沟通，了解具体的解除流程和后续处理事宜。希望我的解答能够对您有所帮助。