员工在申请工伤认定时，若存在以下情形，其申请可能不会被通过：

首先，我们需要明确工伤认定的基本条件，它通常涉及“工作时间”、“工作场所”以及“因工作原因”这三个核心要素。若员工的伤害情况不符合这些要素的定义或范围，那么其工伤认定申请就可能不被通过。

1. 不符合“工作时间”的定义：

   • 如果员工受伤的时间并非在法律规定、劳动合同约定、用人单位规定的工作时间内，也不是完成用人单位临时指派或特定工作任务的时间，或者并非加班时间，那么该伤害可能不被认定为工伤。

2. 不符合“工作场所”的定义：

   • 若员工受伤的地点并非与履行工作职责相关的区域，或者并非因履行工作职责所需的合理区域，例如，在非工作场所进行的私人活动期间受伤，那么该伤害同样可能不被认定为工伤。

3. 不符合“因工作原因”的定义：

   • 如果员工受伤并非因从事本职生产经营活动、完成用人单位指派的工作、维护用人单位正当利益，或者在工作期间在合理场所内因解决必需的基本生理需要（但完全因个人原因造成的伤害除外）而受伤，那么该伤害可能不被视为工伤。

4. 上下班途中的特殊情况：

   • 虽然上下班途中发生的伤害在一定条件下可以认定为工伤，但如果员工受伤并非在合理时间内往返于工作单位和居住地之间的合理路线，或者并非以上下班为目的，那么该伤害可能不被认定为工伤。特别是，如果公安机关交通管理等有关部门没有确认交通事故事实存在，且申请人不能证明职工受到非本人主要责任的交通事故伤害，那么社会保险行政部门将作出不予认定工伤的结论。

5. 居家工作的特殊情况：

   • 对于居家工作的员工，如果其受伤并非因工作原因，或者虽然利用现代通讯方式进行工作沟通但具有临时性和偶发性，并非因工作原因受到事故伤害，那么该伤害可能不被认定为工伤。

6. 法定排除情形：

   • 根据法律法规的有关规定，如果职工伤亡是由于职工本人的故意犯罪、醉酒或者吸毒、自残或者自杀等法定原因导致的，那么该伤亡将不被认定为工伤。

综上所述，员工在申请工伤认定时，需要确保其伤害情况符合工伤认定的基本条件，并避免出现上述不被认定为工伤的情形。如果员工对工伤认定有疑问或需要进一步的帮助，建议咨询专业的法律人士或社会保险行政部门。