在超限运输中，挂靠公司的违法主体确认问题，需根据具体情况分析，一般而言，违法主体可能是实际运输者（即挂靠人）或挂靠公司（被挂靠人），甚至两者均可能被认定为违法主体。以下从不同角度进行详细分析：
一、实际运输者（挂靠人）作为违法主体
法律责任基础：
- 根据《公路安全保护条例》等相关法规，超限运输是指车货总质量、轴载质量或外廓尺寸超过国家规定的限值标准，在公路上行驶的行为。实际运输者（挂靠人）作为运输行为的直接实施者，若其运输的货物或车辆本身超限，则直接违反了相关法规，应承担相应的法律责任。
责任形式：
- 实际运输者可能面临罚款、责令改正、吊销道路运输经营许可证等行政处罚。若因超限运输造成公路、桥梁等设施损坏，还需承担民事赔偿责任。
二、挂靠公司（被挂靠人）作为违法主体
法律责任基础：
- 挂靠公司作为名义上的运输经营者，若其允许挂靠人以公司名义进行超限运输，或未对挂靠人的运输行为进行有效监管，导致超限运输行为发生，则挂靠公司也可能被认定为违法主体。
- 根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法规，道路运输经营者不得允许他人以自己的名义从事道路运输经营，否则将承担相应的法律责任。
责任形式：
- 挂靠公司可能面临与实际运输者相同的行政处罚，如罚款、责令改正等。同时，若因挂靠人的超限运输行为给公司造成损失，公司还有权向挂靠人追偿。
三、两者均作为违法主体的情况
共同违法情形：
- 在某些情况下，实际运输者（挂靠人）和挂靠公司（被挂靠人）可能共同实施了超限运输行为，或挂靠公司明知挂靠人进行超限运输而未予制止，甚至提供便利条件。此时，两者均可能被认定为违法主体，并共同承担相应的法律责任。
责任分担：
- 在共同违法的情况下，实际运输者和挂靠公司可能根据各自的过错程度、行为性质等因素，承担不同比例的法律责任。具体责任分担需由相关部门或法院根据实际情况进行判定。
四、建议与措施
对于实际运输者（挂靠人）：
- 应严格遵守国家关于超限运输的相关规定，确保运输的货物或车辆不超限。
- 在选择挂靠公司时，应选择信誉良好、管理规范的挂靠公司，以降低违法风险。
对于挂靠公司（被挂靠人）：
- 应加强对挂靠人的管理和监督，确保挂靠人遵守国家关于超限运输的相关规定。
- 定期对挂靠人的运输行为进行检查和评估，及时发现并纠正超限运输行为。
在发生超限运输违法行为时：
- 相关部门应依法对实际运输者和挂靠公司进行调查和处理，确保法律责任的准确认定和追究。
- 实际运输者和挂靠公司应积极配合相关部门的调查和处理工作，如实提供相关信息和证据。
若您在超限运输中遇到挂靠公司违法主体确认的问题，或需要进一步的法律咨询和帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。