持有上市公司5%以上股份的法人，确实包括间接持有。以下是对这一问题的详细解释：

一、直接持有与间接持有的定义

1. 直接持有：指的是法人直接以自己的名义在上市公司中持有股份，这些股份直接登记在该法人的名下。

2. 间接持有：则是指法人通过其控制的其他实体（如子公司、关联公司等）在上市公司中持有股份。在这种情况下，虽然股份并非直接登记在该法人的名下，但通过控制链关系，该法人实际上对这部分股份拥有控制权或影响力。

二、间接持有股份的法律认定

在法律上，间接持有股份同样被视为对上市公司的投资行为，并受到相关法律法规的约束。当法人通过其控制的实体间接持有上市公司股份达到或超过5%时，该法人即被视为上市公司的“大股东”或“重要股东”，需要履行相应的信息披露义务和其他法律责任。

三、间接持有股份的信息披露义务

根据《证券法》及相关规定，持有上市公司5%以上股份的股东（包括直接持有和间接持有）在股份变动达到一定比例时，需要向证券交易所和证券监管机构进行报告，并公告相关信息。这是为了保护投资者的知情权，维护市场的公平、公正和透明。

四、间接持有股份的法律后果

如果法人间接持有上市公司股份达到或超过5%，但未履行相应的信息披露义务或其他法律责任，可能会面临法律制裁，包括但不限于罚款、警告、市场禁入等。此外，这种行为还可能对上市公司的股价和声誉造成负面影响，进而损害其他投资者的利益。

五、实际操作中的注意事项

在实际操作中，法人需要仔细审查其控制链中的所有实体，确保准确计算其间接持有的上市公司股份比例。同时，法人还需要密切关注相关法律法规的变化，及时履行信息披露义务和其他法律责任，以避免不必要的法律风险。

总结来说，持有上市公司5%以上股份的法人确实包括间接持有。法人需要充分了解并遵守相关法律法规，确保准确计算其间接持有的股份比例，并及时履行信息披露义务和其他法律责任。如果您有任何关于公司法务或合同纠纷方面的问题，欢迎直接向我咨询。