结论：甲方已不参加会议对乙方进行罚款是否合法，这取决于双方之间的合同约定、公司章程或相关规章制度的具体内容，以及这些规定是否符合法律法规的强制性规定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
若合同中有明确约定：如果甲乙双方在合同中明确约定了甲方不参加会议时，乙方有权对甲方进行罚款，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定（如不违反《民法典》中关于合同无效或可撤销的规定），那么这种罚款行为在合同层面是合法的。但需要注意的是，罚款的数额和方式应当合理，不能过分高于因甲方不参加会议给乙方造成的实际损失。
若合同中无明确约定：如果合同中没有明确约定甲方不参加会议时乙方可以进行罚款，那么乙方单方面对甲方进行罚款就缺乏合同依据，这种行为在合同层面是不合法的。
二、公司章程或规章制度角度
若公司章程或规章制度中有规定：如果甲方和乙方属于同一公司或组织，且公司章程或规章制度中明确规定了甲方不参加会议时乙方可以进行罚款，并且这种规定经过了合法的制定程序（如经过股东会、董事会或职工代表大会等决议通过），且不违反法律法规的强制性规定，那么这种罚款行为在公司章程或规章制度层面是合法的。但同样，罚款的数额和方式应当合理。
若公司章程或规章制度中无规定：如果公司章程或规章制度中没有明确规定甲方不参加会议时乙方可以进行罚款，那么乙方单方面对甲方进行罚款就缺乏公司章程或规章制度的依据，这种行为在公司章程或规章制度层面是不合法的。
三、法律法规角度
罚款的合法性：根据《行政处罚法》等相关法律法规的规定，罚款作为一种行政处罚措施，只能由具有行政处罚权的行政机关或法律、法规授权的组织在法定职权范围内实施。因此，除非乙方是具有行政处罚权的行政机关或法律、法规授权的组织，否则其无权对甲方进行罚款。在一般的民事关系中，罚款行为可能因缺乏法律依据而被认定为无效。
违约责任：如果甲方不参加会议的行为构成了违约，乙方可以依据合同约定或法律规定要求甲方承担违约责任，如赔偿损失等。但这种责任承担方式并不是罚款，而是基于违约行为的法律后果。
建议
审查合同和规章制度：建议甲乙双方首先审查合同和公司章程或规章制度中是否有关于甲方不参加会议时乙方可以进行罚款的约定或规定。
协商解决：如果双方对罚款行为存在争议，建议通过协商的方式解决。双方可以就甲方不参加会议给乙方造成的损失进行评估，并协商确定合理的赔偿方式。
寻求法律途径：如果协商无果，乙方可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁等。但在此之前，建议乙方先咨询专业律师的意见，以评估案件的胜诉可能性和法律风险。
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