恶意串通的协议即使经过公证，依然可以被认定无效。以下从法律依据、构成要件、公证的性质与作用、法律后果及实际操作建议几个方面进行详细分析：

一、法律依据与构成要件

根据《中华人民共和国民法典》第一百五十四条的规定，行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。这一条款明确指出了恶意串通导致合同无效的法律依据。恶意串通的构成要件主要包括两点：

1. 主观恶意：合同双方均明知其行为会损害国家、集体或他人的合法权益，仍积极为之，且存在意思联络，就损害他人权益的行为达成一致。
2. 客观行为及结果：双方实施了相互配合的行为，且该行为实际损害了国家、集体或他人的合法权益。

二、公证的性质与作用及其局限性

公证是公证机构对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性进行证明的活动。它主要确保合同签订过程及内容的真实性和合法性，但并不能完全排除合同存在无效情形的可能性。公证机构的审查可能受到多种因素的限制，如信息获取的局限性、审查标准的客观性等，因此不能作为判断合同效力的唯一依据。

三、恶意串通协议公证后无效的法律后果

一旦合同被认定为因恶意串通而无效，其将产生以下法律后果：

1. 合同自始无约束力：该合同从订立时起即无法律效力，对双方均不产生约束。
2. 财产返还与补偿：行为人因该合同取得的财产应予以返还；若不能返还或无需返还，则应折价补偿。
3. 损失赔偿：有过错的一方需赔偿对方因此遭受的损失；若双方均有过错，则各自承担相应责任。

四、实际操作建议

如果你认为一份经过公证的协议可能存在恶意串通的情况，可以采取以下步骤来维护自己的权益：

1. 收集证据：首先，你需要收集能够证明恶意串通存在的证据，如书面证据（信件、邮件、聊天记录等）、证人证言、交易记录等。这些证据将有助于你向法院或仲裁机构证明恶意串通的事实。
2. 咨询专业律师：在收集到一定证据后，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见。律师将根据你的证据和案件情况，为你提供专业的法律分析，并帮助你制定有效的应对策略。
3. 提起诉讼或申请仲裁：如果律师认为你的证据充分，且案件有胜诉的可能，你可以向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，以请求确认合同无效并维护自己的合法权益。

五、案例分析

以房屋买卖合同为例，如果夫妻一方隐瞒另一方与第三人签订房屋买卖协议，且该协议存在恶意串通损害另一方利益的情况，即使该协议经过公证，法院在综合考量后仍可能认定恶意串通，并判决合同无效。这进一步说明了恶意串通是合同无效的一个重要原因，且公证并不能改变其无效的法律后果。

综上所述，恶意串通的协议即使经过公证，依然可以被认定无效。如果你遇到类似情况，建议及时收集证据并咨询专业律师以维护自己的合法权益。