结论：第二轮承包合同与第三轮承包合同的实际面积不符时，是否可以签订确权，需根据具体情况判断，但通常可以签订确权，不过需确保确权内容真实、合法，并遵循相关程序。
分析说明：
确权的基本性质：
- 确权，即确认权利，通常是对已经存在的权利进行确认和明确。在承包合同领域，确权往往涉及对承包土地的面积、位置、四至等具体信息的确认。
合同面积不符的影响：
- 第二轮与第三轮承包合同面积不符，可能由于测量误差、土地调整、政策变化等多种原因导致。这种不符并不直接阻碍确权的进行，但确权时需以实际面积为准，确保确权内容的真实性。
确权的可行性：
- 可以签订确权：在面积不符的情况下，只要双方（或多方）对实际面积达成一致，并愿意按照实际面积进行确权，那么签订确权协议是可行的。确权协议应明确记载实际面积、位置、四至等信息，并由相关方签字或盖章确认。
- 需注意的问题：在签订确权协议前，应确保对实际面积进行了准确的测量和确认，避免因面积误差引发后续纠纷。同时，确权协议应符合相关法律法规的规定，不得违反法律强制性规定或公序良俗。
确权的程序：
- 确权通常需要遵循一定的程序，包括申请、审核、公示、登记等环节。在签订确权协议前，应了解并遵循当地的确权程序，确保确权的合法性和有效性。
法律建议：
- 在签订确权协议前，建议对实际面积进行专业的测量和确认，确保确权内容的准确性。
- 确权协议应明确、具体，避免使用模糊或歧义的语言，以减少后续纠纷的可能性。
- 遵循当地的确权程序，确保确权的合法性和有效性。如有需要，可以咨询当地农业部门或法律专业人士的意见。
后续行动指南：
- 如果双方对实际面积存在争议，可以先通过协商、调解等方式解决争议，再签订确权协议。
- 如果确权过程中遇到法律问题或纠纷，可以及时向法律专业人士咨询或寻求法律援助，以维护自身合法权益。
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