针对您提出的“农户第二轮土地确权面积不对”的问题，这确实是一个在农村土地确权过程中常见的问题，也是农民朋友们非常关心的问题。以下是对这一问题的详细解答：
首先，要明确的是，土地确权面积与二轮承包面积不符，可能是由于多种原因造成的，包括但不限于测量误差、历史遗留问题、登记错误等。针对这种情况，农业部等6部门在《关于开展农村土地承包经营权登记试点工作的意见》中给出了明确的处理办法。
处理原则：
依据法律文件：应依据农村二轮承包合同、证书和台账等法律文件约定的承包地四至边界和空间位置，采取科学的测绘技术，以标准亩为计量单位，查清承包地实际面积。
重新签订合同与更换证书：依据实测面积，重新签订合同，更换承包经营权证书，并办理承包经营权登记簿变更登记。
据实登记：不论实测承包地面积大于或小于二轮承包合同和证书登记承包地面积，都应依据本次土地确权查实结果据实登记，不得随意调减或调增农户承包地面积。
具体操作：
实测面积与登记：在确权登记颁证过程中，应严格执行农村土地承包法律政策规定，对实测面积，经公示后据实登记。在登记簿中如实填写“承包地二轮合同面积”和“实际测量面积”。
处理出入：如果实测土地面积与承包合同及原来的经营权证书记载有出入，应在登记簿中分别填写，并对出入较大的情况进行实地勘测和公示，无异议后才能确权登记。经营权证书只填写实际测量的面积。
变更登记：如果是由于农村土地二轮承包登记错误等原因造成的面积不符，应依据本次确权登记中查实的农户土地承包信息，在不改变农村土地二轮承包关系的前提下，依法办理农户家庭土地承包经营权变更登记手续，在土地承包经营权登记簿进行备案登记。
实例参考：
以新田县人民政府处理的一起类似情况为例，农户在发现土地确权面积有误后，政府立即组织相关工作人员进行核实处理，通过实地测量，最终核定了正确的承包地块和面积。这一实例也说明了，当农户发现土地确权面积有误时，应及时向当地政府或相关部门反映，以便得到妥善处理。
综上所述，如果您发现第二轮土地确权面积不对，应首先核对承包合同、证书和台账等法律文件，然后向当地政府或相关部门提出异议，并要求重新测量和核实。在核实过程中，应积极配合工作人员的工作，以便尽快解决问题。