关于乡政府收回补助农业机械是否合法的问题，这主要取决于具体的政策规定和操作流程是否合规。以下是根据相关政策法规的详细解答：
一、政策依据
《农业机械安全监督管理条例》：该条例明确规定了国家建立落后农业机械淘汰制度和危及人身财产安全的农业机械报废制度，并对淘汰和报废的农业机械依法实施回收。这意味着，在符合一定条件下，政府有权对老旧或存在安全隐患的农业机械进行回收。
《国务院关于加快推进农业机械化和农机装备产业转型升级的指导意见》：该意见提出积极推进农机报废更新，进一步优化农机装备结构，促进农机安全生产和节能减排。这为政府推动农业机械报废更新提供了政策支持。
《农业机械报废更新补贴实施指导意见》：该意见详细规定了农机报废更新补贴的实施范围、补贴对象、补贴种类、报废条件、补贴标准、回收企业以及操作程序等，为政府实施农机报废更新补贴提供了具体指导。
二、乡政府收回补助农业机械的合法性分析
符合报废条件：如果乡政府收回的农业机械符合《农业机械安全监督管理条例》中规定的报废条件，如达到报废年限、存在严重安全隐患等，且机主自愿申请报废更新补贴，那么乡政府的回收行为是合法的。
遵循操作程序：乡政府在回收农业机械时，应遵循《农业机械报废更新补贴实施指导意见》中规定的操作程序，包括报废旧机、解体销毁、注销登记和兑现补贴等环节。如果乡政府能够严格按照这些程序操作，那么其回收行为也是合法的。
保障机主权益：在回收过程中，乡政府应确保机主的合法权益不受侵害，如按照规定的补贴标准向机主兑现补贴资金，不得擅自降低补贴标准或截留补贴资金。
三、注意事项
机主自愿原则：农机报废更新补贴政策应遵循农民自愿的原则，乡政府不得强制机主报废农业机械或申请补贴。
信息公开透明：乡政府在实施农机报废更新补贴政策时，应确保信息公开透明，让机主充分了解政策内容、补贴标准和操作程序等。
加强监管力度：相关部门应加强对农机报废更新补贴政策的监管力度，确保政策得到有效执行，防止出现违规操作和腐败现象。
四、结论
综上所述，如果乡政府在回收补助农业机械时能够严格遵循相关政策法规和操作程序，确保机主的合法权益不受侵害，并且符合报废条件，那么其回收行为是合法的。如果机主对乡政府的回收行为存在疑问或争议，可以向当地农业农村部门或相关监管机构进行咨询或投诉。