结论：公司发现员工挪用公款后，直接用被告人的工资进行抵扣，这笔扣款一般不能直接视为对挪用公款的合法抵扣。以下从几个角度进行详细分析：

一、挪用公款的法律性质

挪用公款属于违法行为，可能构成挪用资金罪或职务侵占罪等刑事犯罪，具体取决于挪用金额、挪用时间以及挪用目的等因素。一旦发现挪用公款行为，公司应当立即采取措施，包括但不限于报警、内部调查、追回损失等。

二、工资抵扣的合法性

1. 工资的性质：工资是员工因提供劳动而应得的报酬，属于员工的合法财产。公司无权随意扣减员工的工资，除非有明确的法律规定或合同约定。

2. 抵扣的合法性：在挪用公款的情况下，公司不能直接用员工的工资进行抵扣。因为挪用公款是员工的违法行为，与工资的支付是两个独立的法律关系。公司应当通过法律途径追回被挪用的公款，而不是直接扣减员工的工资。

三、正确的处理方式

1. 报警处理：公司发现挪用公款行为后，应当立即向公安机关报案，由公安机关依法进行调查处理。

2. 内部调查：公司可以同时进行内部调查，了解挪用公款的具体情况，包括挪用金额、时间、目的等，以便为后续的法律程序提供证据。

3. 追回损失：公司可以通过法律途径追回被挪用的公款，包括提起民事诉讼要求员工赔偿损失等。在追回损失的过程中，公司应当遵循法律程序，确保自身权益得到合法保护。

四、可能的法律后果

1. 刑事责任：如果员工的挪用公款行为构成犯罪，将依法承担刑事责任。

2. 民事责任：员工还需要承担民事赔偿责任，即赔偿公司因挪用公款而遭受的损失。

3. 公司责任：如果公司在处理挪用公款事件过程中存在违法行为或不当行为，也可能承担相应的法律责任。

建议：公司在发现挪用公款行为后，应当立即采取合法措施进行追回和处理，避免采取不当行为导致自身权益受损。如果公司有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。