工厂倒闭欠工程款的问题，核心在于如何通过法律途径追讨欠款，保障自身权益。以下是具体处理方式：

1. 确认债权合法性
   首先需确认工程款债权的合法性，包括合同有效性、工程量确认单、结算文件等证据是否完备。若合同明确约定了付款条款（如分期支付、质保金比例等），需优先按合同主张权利；若未签订书面合同，需通过其他证据（如施工记录、验收报告、往来函件等）证明实际施工关系及欠款金额。

2. 及时申报债权
   若工厂已进入破产程序（如破产清算、重整或和解），需在法院规定的债权申报期限内，向管理人提交债权申报材料，包括债权申报表、合同、结算单、发票等证据。未依法申报的债权，在破产程序中可能无法受偿。需注意：

   • 若工厂已进入破产程序，工程款可能被列为普通债权，按破产财产分配顺序受偿（优先于股东权益，但劣后于职工债权、税收债权等）；
     
   • 若工程款涉及建设工程价款优先受偿权（如承包人未放弃优先权），可在破产程序中主张优先受偿（但需在法定期限内行使，通常为竣工之日起6个月内）。

3. 协商或诉讼追讨
   若工厂尚未进入破产程序，可尝试通过协商、发律师函或直接起诉追讨欠款：

   • 协商：与工厂或其股东、实际控制人协商分期还款、以物抵债（如设备、存货）等方案；
     
   • 诉讼：若协商无果，可向法院起诉要求支付工程款及逾期利息，并申请财产保全（如冻结银行账户、查封设备等），防止工厂转移资产。若工厂已无财产可供执行，可申请将其列入失信被执行人名单，限制其高消费行为。

4. 关注工厂资产状况
   若工厂有抵押、质押或第三方担保，可主张优先受偿权；若工厂股东存在未实缴出资、抽逃出资等情形，可追加股东为被执行人，要求其在未出资范围内承担责任。

建议：工程款追讨需结合工厂的财产状况、破产程序进度及合同条款综合处理。若涉及金额较大或情况复杂，建议直接向我咨询，我会根据具体证据和程序节点，制定最优追讨方案。