西医诊所在备案及日常运营过程中，是需要有公章的。以下是根据相关法规及实际备案流程给出的详细解释：

首先，根据《北京市诊所备案管理暂行办法》及相关通知要求，诊所在进行备案时，需要提交一系列纸质材料，这些材料均需加盖诊所公章。公章作为诊所的正式印鉴，是确认材料真实性和合法性的重要凭证。在备案过程中，所有提交的纸质材料须与网上提交的材料保持一致，且均需加盖诊所公章，以确保备案材料的实质内容真实可靠。

其次，从实际运营的角度来看，西医诊所作为医疗机构，在日常运营中会涉及到各种合同、文件、报告等的签署和出具。这些文件往往需要加盖诊所公章，以证明其合法性和有效性。例如，诊所与供应商签订的采购合同、与患者签订的知情同意书、向卫生健康行政部门提交的各类报告等，都需要加盖公章。

此外，以“毛会峰西医诊所”为例，该诊所在进行执业登记注册时，也必然需要遵循相关法律法规和备案管理要求，包括使用公章来确认其身份和文件的真实性。虽然公示信息中并未直接提及公章的使用，但根据一般的医疗机构备案和运营流程，可以合理推断该诊所在备案及日常运营中是需要使用公章的。

综上所述，西医诊所在备案及日常运营过程中，是需要有公章的。公章不仅是诊所身份和文件真实性的重要凭证，也是诊所合法运营和接受监管的必要条件。因此，如果您是西医诊所的负责人或相关工作人员，请务必确保诊所拥有合法有效的公章，并在需要时正确使用。