针对员工拿工作手机拒不归还的情况，公司可以采取以下措施进行处罚或处理，但需注意合法合规性：
依据公司规章制度处理：
- 前提条件：公司需有明确且合法的规章制度，规定员工不得私自占有公司财物，包括工作手机，并明确违反此规定的处罚措施。
- 处理方式：若员工违反规定，公司可依据规章制度对其进行警告、罚款（需确保罚款金额合法，不违反劳动法规定）、甚至解除劳动合同（在严重违反规章制度的情况下）。
- 注意事项：规章制度需经过民主程序制定，且已向员工公示或告知，否则可能因程序瑕疵而无效。
通过法律途径解决：
- 民事诉讼：若员工拒不归还工作手机，公司可向法院提起民事诉讼，要求员工返还财物。在此过程中，公司需提供证据证明工作手机的所有权归属公司，以及员工占有手机的事实。
- 刑事报案：若员工的行为涉嫌侵占罪（即以非法占有为目的，将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大，拒不退还的），公司可向公安机关报案。但需注意，侵占罪是自诉案件，通常需由公司自行向法院提起刑事自诉，除非公安机关认为情节严重，决定直接立案侦查。
劳动仲裁或调解：
- 劳动仲裁：若员工的行为与公司规章制度或劳动合同相关，且双方因此产生争议，公司可向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求员工归还手机或承担相应责任。
- 调解：在仲裁或诉讼前，公司也可尝试与员工进行调解，通过协商达成和解协议，以更快速、低成本地解决问题。
法律建议：
- 完善规章制度：公司应制定完善的规章制度，明确员工对工作财物的保管责任及违反规定的处罚措施，并确保规章制度经过民主程序制定且已向员工公示或告知。
- 保留证据：公司应妥善保管与工作手机相关的证据，如购买发票、使用记录、员工领取手机的签字确认单等，以便在需要时证明手机的所有权及员工占有手机的事实。
- 合法合规处理：在处理员工拒不归还工作手机的问题时，公司应确保处理方式合法合规，避免侵犯员工的合法权益，如非法搜查、扣押员工财物等。
可能后果：
- 若公司处理不当，可能面临员工提起的劳动仲裁或民事诉讼，要求公司承担违法解除劳动合同的赔偿责任或其他民事责任。
- 若员工的行为构成犯罪，公司虽可追究其刑事责任，但也可能因此耗费大量时间和精力，且不一定能完全挽回损失。
因此，建议公司在处理此类问题时，务必谨慎行事，确保合法合规，并尽可能通过协商、调解等方式和平解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。