结论：农民工在工地生活区做饭被罚5000元是否合理，需结合具体情况判断，包括罚款主体、罚款依据、罚款程序以及罚款数额的合理性等多个方面。以下是对这一问题的详细分析：
一、罚款主体与依据
罚款主体：
- 罚款应当由具有行政处罚权的行政机关或法律法规授权的组织进行。在工地生活区，如果罚款是由工地管理方（如建筑公司、项目部等）自行决定的，而非由相关行政机关作出，那么这种罚款的合法性就值得质疑。
罚款依据：
- 罚款必须有明确的法律依据，如相关法律法规、规章或规范性文件。如果工地管理方仅凭内部规定或口头通知就对农民工进行罚款，且这些规定或通知没有法律依据，那么罚款就是不合法的。
二、罚款程序
- 即使罚款有法律依据，也必须遵循法定程序进行。这通常包括告知罚款理由、听取陈述申辩、制作处罚决定书等步骤。如果工地管理方在罚款过程中未遵循这些程序，那么罚款也是不合法的。
三、罚款数额的合理性
法律依据的罚款额度：
- 如果罚款有法律依据，那么需要查看该法律对罚款额度的具体规定。如果罚款5000元超出了法律规定的额度，那么罚款就是不合法的。
比例原则：
- 即使罚款额度在法律规定的范围内，也需要考虑罚款是否与违规行为的性质、情节以及社会危害程度相适应。如果罚款5000元对于农民工在工地生活区做饭这一行为来说显得过重，那么罚款可能违反了比例原则，也是不合理的。
四、具体情境分析
如果罚款由行政机关作出：
- 需要核实罚款的法律依据、程序以及数额是否合法合理。如果存在问题，农民工可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
如果罚款由工地管理方自行决定：
- 农民工可以首先尝试与工地管理方进行沟通协商，要求撤销不合理的罚款。如果协商无果，农民工可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者通过法律途径来维护自己的权益。
五、建议
- 保留证据：农民工在面临罚款时，应当保留好相关证据，如罚款通知、罚款收据、现场照片或视频等，以便在后续维权过程中使用。
- 及时咨询：如果农民工对罚款的合法性或合理性存在疑问，建议及时咨询专业律师，以便得到更具体的法律建议和指导。
总结来说，农民工在工地生活区做饭被罚5000元是否合理，需要综合考虑罚款主体、罚款依据、罚款程序以及罚款数额的合理性等多个方面。如果农民工认为罚款不合法或不合理，可以通过沟通协商、投诉举报或法律途径来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。