结论：车抵贷尾还月供因代偿后被扣款是否合法，需根据具体情况判断，主要看代偿行为是否符合合同约定及法律规定。以下从不同角度进行分析：
一、代偿行为的合法性基础
合同约定：
- 在车抵贷合同中，通常会约定在借款人未能按时还款时，贷款方或担保方有权进行代偿，并有权从借款人的账户中扣划相应款项。若合同中有此类明确约定，且代偿行为符合合同约定的条件和程序，则代偿后扣款通常是合法的。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，担保物权人在债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现担保物权的情形，依法享有就担保财产优先受偿的权利。这意味着，在借款人未能按时还款的情况下，贷款方或担保方作为担保物权人，有权依法行使代偿权，并从借款人的账户中扣划款项以偿还债务。
二、代偿后扣款的合法性判断
扣款程序合法性：
- 即使代偿行为本身合法，扣款程序也必须合法。贷款方或担保方在扣款前，应确保已按照合同约定或法律规定的方式通知借款人，并给予借款人合理的异议期。若未经通知或未给予异议期即直接扣款，可能构成违法。
扣款金额合法性：
- 扣款金额应严格限于借款人应偿还的债务金额，包括本金、利息、违约金等。若扣款金额超过借款人应偿还的债务金额，超出部分可能构成不当得利，借款人有权要求返还。
扣款账户合法性：
- 贷款方或担保方应从借款人指定的还款账户中扣款，或从借款人同意的其他账户中扣款。若未经借款人同意，擅自从其他账户中扣款，可能构成侵权。
三、特殊情况下的合法性判断
借款人异议：
- 若借款人对代偿行为或扣款行为有异议，应及时向贷款方或担保方提出，并要求其提供合法依据。若贷款方或担保方无法提供合法依据，或借款人认为其权益受到侵害，可以向相关部门投诉或寻求法律救济。
合同条款争议：
- 若合同中关于代偿和扣款的条款存在争议或不明确之处，双方应协商解决。协商不成的，可以依据相关法律规定或合同约定，通过仲裁或诉讼等方式解决争议。
建议：若您面临车抵贷尾还月供因代偿后被扣款的情况，建议您首先仔细审查车抵贷合同中的相关条款，了解代偿和扣款的具体约定。同时，保留好所有与代偿和扣款相关的证据，如合同、通知、扣款记录等。若您认为代偿或扣款行为存在违法或不当之处，可以向相关部门投诉或寻求法律救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。