合作协议是归法律管辖的。以下从多个角度为你详细分析：

法律属性角度

合作协议本质上属于合同的一种。根据《中华人民共和国民法典》合同编的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。合作协议是双方或多方为了共同的目标，在平等、自愿的基础上，就各自的权利和义务达成的协议，它明确规定了合作各方在合作过程中的权利、义务、责任等内容，具有明确的法律属性，受到法律的约束和保护。例如，甲乙双方签订了一份合作开发软件的协议，协议中约定了双方的投资比例、开发进度、收益分配方式以及违约责任等条款，这份协议就是典型的合作协议，它受到民法典合同编的规范和调整。

法律约束力角度

一旦合作协议签订并生效，就具有法律约束力。合作各方必须按照协议的约定履行自己的义务，如果一方违反协议约定，就需要承担相应的法律责任。这种法律责任可能包括继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。比如，在上述软件开发合作协议中，如果甲方未按照约定投入资金，导致项目进度延误，那么甲方就构成了违约，乙方有权要求甲方承担违约责任，如支付违约金、赔偿因延误造成的损失等。

纠纷解决角度

当合作协议在履行过程中发生纠纷时，各方可以通过法律途径来解决。常见的解决方式包括协商、调解、仲裁和诉讼等。如果合作协议中约定了仲裁条款，那么各方应当按照约定将纠纷提交仲裁机构进行仲裁；如果没有约定仲裁条款或者仲裁条款无效，那么各方可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。例如，甲乙双方在合作协议中约定，因协议产生的纠纷由某仲裁委员会进行仲裁，当双方发生纠纷时，就应当按照约定向该仲裁委员会申请仲裁，而不能直接向法院起诉。

特殊情况说明

虽然合作协议一般归法律管辖，但也存在一些特殊情况。比如，如果合作协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该协议可能被认定为无效。此外，如果合作协议涉及的是非法活动，如走私、贩毒等，那么该协议不仅不受法律保护，相关行为还可能构成犯罪，受到刑事处罚。

综上所述，合作协议是归法律管辖的。在签订和履行合作协议时，各方应当遵守法律法规的规定，确保协议的合法性和有效性。如果你在合作协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。