当劳动关系仲裁过程中发现工伤认定期限已经超过时，劳动者确实面临一些挑战，但并非完全丧失获得赔偿的机会。以下是一些详细且有条理的处理建议，希望能帮助您更好地维护自身权益：
一、明确超期原因，采取针对性措施
用人单位原因导致过期：
- 如果是因为用人单位未及时为您申请工伤认定，或者故意拖延申报时间，导致工伤认定过期，您有权通过劳动争议仲裁或民事诉讼要求用人单位承担相应责任。在此期间，如果发生符合工伤认定情形的，应当认定为工伤，且由用人单位承担工伤待遇支付责任。
- 法律依据：您可以参考《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》及相关劳动法规定，这些法规为您提供了有力的法律支持。
劳动者自身原因导致过期：
- 如果是因为您或您的近亲属自身原因逾期申请，且不存在不可抗力等正当理由，社会保险行政部门可能不再受理工伤认定申请。但您仍可尝试通过民事诉讼途径，主张用人单位承担相应赔偿责任。法院会审查逾期原因及具体情况，若您有合理证据证明因客观原因无法在规定期限内申请，可能会得到法院支持。
- 建议：在此情况下，您应积极收集证据，如医疗记录、证人证言等，以证明自身因客观原因无法及时申请。
特殊原因导致过期：
- 如果是因为不可抗力（如自然灾害、突发事件等）或被行政机关、司法机关限制人身自由等特殊原因导致工伤认定过期，您可以向社会保险行政部门说明情况并提供相关证明材料，申请恢复工伤认定申请期限或酌情考虑是否受理。
- 法律依据：您可以参考《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第七条，该条款为您提供了在特殊情况下申请恢复工伤认定申请期限的法律依据。
二、积极协商与调解
- 无论超期原因如何，您都应积极与用人单位进行协商，就受伤补偿问题进行沟通。在协商过程中，您应明确自身诉求，并准备充分的证据支持自己的主张。通过协商，您可能能够达成双方都能接受的赔偿协议，从而解决纠纷。
三、考虑法律途径
- 如果协商不成，且超期原因非用人单位所致，您可以考虑向人民法院提起民事诉讼。在诉讼中，您需要证明用人单位对其受伤存在过错以及自身因此所遭受的损失。虽然仲裁时效已过，但法院会根据案件具体情况审查是否存在时效的合理抗辩事由，并不必然因仲裁时效已过而驳回诉讼请求。
- 法律依据：您可以参考《中华人民共和国民法典》侵权责任编及相关诉讼法规定，这些法规为您提供了通过民事诉讼维护自身权益的法律途径。
四、注意事项
保留证据：
- 无论采取何种途径维权，您都需要保留好相关证据，如医疗记录、工资单、工作证、工伤事故报告、证人证言等。这些证据将有助于证明您的工伤事实和损失情况，是维权过程中的关键。
及时行动：
- 一旦发现超过工伤认定期限，您应尽快采取行动，尝试上述补救措施。拖延时间可能会导致证据丢失或法律关系变得更加复杂，从而增加维权的难度。
了解法律法规：
- 您应主动了解相关的法律法规和政策规定，以便更好地维护自己的合法权益。在必要时，您可以寻求法律援助机构的帮助或咨询专业的劳动法律师，他们可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
综上所述，劳动仲裁工伤认定过期后的处理方式需灵活应对。您应根据具体情况积极寻求合法途径维护自身合法权益，同时保留好相关证据并及时行动。希望这些建议能对您有所帮助。