申请工伤认定的时间并非从劳动关系确认之后重新计算，而是从职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病之日起开始计算。以下是对这一问题的详细解释：

法律依据

根据《工伤保险条例》第十七条的规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。如果用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

劳动关系确认与工伤认定申请的关系

1. 劳动关系确认是工伤认定的前提：在申请工伤认定时，通常需要提供与用人单位存在劳动关系的证明材料。如果劳动关系存在争议，可能需要先通过劳动仲裁或诉讼等方式确认劳动关系。但这并不意味着工伤认定的时间要从劳动关系确认之后重新计算。
2. 工伤认定申请时间的独立性：工伤认定申请的时间是从职工发生事故伤害或者被诊断、鉴定为职业病之日起开始计算的，与劳动关系的确认时间无关。即使劳动关系确认的过程耗时较长，也不会影响工伤认定申请的时间起点。

实际操作建议

1. 及时申请工伤认定：无论劳动关系是否已经确认，一旦发生工伤事故或被诊断为职业病，职工或其近亲属、用人单位都应尽快向社会保险行政部门提出工伤认定申请，以免错过申请时限。
2. 准备相关证据材料：在申请工伤认定时，需要提供与用人单位存在劳动关系的证明材料、医疗诊断证明或者职业病诊断证明书等。因此，建议职工在平时工作中注意保存相关证据材料，以便在需要时能够及时提供。

特殊情况处理

如果用人单位未在规定时间内提出工伤认定申请，且工伤职工或其近亲属、工会组织也未在1年内提出申请，那么可能会错过工伤认定的时机。在这种情况下，工伤职工可能无法享受工伤保险待遇。因此，建议工伤职工或其近亲属在发生工伤事故后及时咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律途径。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。