在汽车（机动车）与非机动车发生碰撞事故后，关于保险公司的赔偿问题，这确实是一个涉及多个环节和细节的过程。以下是对这一问题的详细解答：
一、赔偿的基本原则
首先，要明确的是，赔偿首先由交强险在责任限额内承担。交强险是机动车必须投保的强制责任保险，它为受害人提供了基本的保障。无论事故责任如何划分，交强险都会在责任限额范围内对非机动车一方进行赔偿。赔偿限额通常包括死亡伤残赔偿（一般180,000元）、医疗费用赔偿（通常18,000元）和财产损失赔偿（一般2000元）。
二、机动车次责时的赔偿情况
当机动车在事故中承担次要责任时，赔偿流程如下：
交强险赔偿：交强险会首先在其责任限额内对非机动车一方进行赔偿，这部分赔偿是不受事故责任比例影响的。
商业险赔偿：如果交强险的赔偿限额不足以覆盖非机动车一方的损失，那么超出部分将根据事故责任比例由商业险来补充赔偿。在机动车承担次要责任的情况下，商业险将按照相应的比例（如30%、40%等，具体比例需根据事故实际情况和保险合同条款确定）来承担赔偿责任。
三、赔偿的具体流程
保护现场并报案：事故发生后，应立即保护现场，确保不被破坏，并向当地警方报案，同时通知保险公司，以便进行事故勘查和责任认定。
责任认定：警方会根据事故现场勘查和双方陈述，出具责任认定书。这份认定书是后续赔偿的重要依据。
定损与赔偿协商：保险公司会派员对受损车辆和财产进行定损评估。根据责任认定书和定损结果，保险公司会与事故双方协商赔偿事宜。
赔偿支付：如果双方达成一致，保险公司将按照协议支付赔偿款项。如果协商不成，则可以通过法律途径解决争议。
四、注意事项与建议
妥善保存证据：在事故处理过程中，务必妥善保存所有相关的医疗票据、诊断证明、维修发票等文件资料，以便后续理赔。
积极配合理赔：事故双方应积极配合保险公司的理赔工作，提供所需的信息和材料，以加快理赔进程。
了解法律法规：熟悉相关的法律法规和赔偿标准，有助于您更好地维护自己的合法权益。
寻求专业帮助：如果对保险公司的赔偿决定有异议或遇到复杂情况，建议咨询专业律师或通过法律途径来维护自己的权益。
综上所述，当机动车与非机动车发生碰撞事故且机动车承担次要责任时，保险公司是会进行赔偿的。赔偿首先由交强险在责任限额内承担，超出部分则根据事故责任比例由商业险补充赔偿。在处理此类事故时，请务必遵循赔偿流程，注意相关事项和建议，以更有效地解决赔偿问题并保障各方的合法权益。