在机动车与非机动车发生交通事故，且机动车被认定为次要责任的情况下，机动车的车损赔偿问题需根据具体情况来分析，但通常机动车的车损会由机动车一方自行承担或根据责任比例部分向非机动车方追偿（实践中追偿难度较大，一般由机动车方自行承担主要损失）。 以下从不同角度进行详细分析：
一、法律原则与责任划分基础
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条，交通事故责任划分遵循过错原则，即根据双方行为对事故发生的作用及过错程度确定责任。若机动车与非机动车发生事故，且机动车被认定为次要责任，那么机动车的车损赔偿问题需结合非机动车方的过错程度来综合判断。
二、机动车车损赔偿的常见情形
机动车自行承担车损
- 在大多数情况下，即使机动车被认定为次要责任，由于其作为高速运输工具，在道路上行驶时具有更高的注意义务和风险控制能力，因此机动车的车损往往由机动车一方自行承担。特别是当非机动车方经济能力有限或赔偿意愿不高时，机动车方可能更倾向于通过保险来弥补损失。
根据责任比例向非机动车方追偿（实践中难度较大）
- 理论上，如果非机动车方在事故中也存在过错，并且其过错与机动车的车损有直接因果关系，那么机动车方可以根据责任比例向非机动车方追偿部分车损。然而，在实际操作中，由于非机动车方往往经济能力有限，且追偿过程可能涉及复杂的法律程序和证据收集，因此机动车方追偿成功的案例相对较少。
三、特殊情形下的处理规则
非机动车故意碰撞机动车
- 如果非机动车方故意碰撞机动车导致事故发生，那么根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条的规定，机动车一方不承担赔偿责任。在这种情况下，机动车的车损应由非机动车方全额承担。但需要注意的是，机动车方需提供充分证据证明非机动车方的故意行为，如监控录像、证人证言等。
机动车购买了车损险
- 如果机动车方购买了车损险，那么在事故发生后，机动车方可以向保险公司申请理赔。保险公司将根据保险条款和事故责任认定书来确定赔偿金额。在这种情况下，机动车方的车损将得到一定程度的弥补。
四、建议与注意事项
及时报警并保留证据
- 发生事故后，机动车方应立即报警并保留好相关证据，如现场照片、行车记录仪视频、证人证言等。这些证据将有助于后续的责任认定和赔偿处理。
积极与保险公司沟通
- 如果机动车方购买了相关保险，如交强险、商业险等，应及时与保险公司沟通并申请理赔。保险公司将根据保险条款和事故情况来确定赔偿金额和流程。
谨慎选择追偿方式
- 如果机动车方认为非机动车方应承担部分车损赔偿责任，应谨慎选择追偿方式。在追偿前，应充分评估非机动车方的经济能力和赔偿意愿，并咨询专业律师的意见以制定合理的追偿策略。
总结来说，在机动车与非机动车发生交通事故且机动车被认定为次要责任的情况下，机动车的车损通常由机动车一方自行承担或根据责任比例部分向非机动车方追偿（但实践中追偿难度较大）。 如果您在处理此类事故时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。