关于村里合同只有书记签字是否有效的问题，这并不能一概而论，而是需要综合多方面因素来细致判断。以下是我为您详细梳理的几个关键角度：
一、协议有效的基本条件
主体适格：
- 村书记作为村民委员会的负责人，在代表村集体进行民事活动时，其行为必须符合法律法规和村民自治章程。若协议内容涉及村集体资产处置、土地承包等重大事项，村书记应获得村民会议或村民代表会议的明确授权。未经授权擅自签订的协议，可能因越权而被认定无效。
意思表示真实：
- 协议双方需在自愿、平等的基础上达成合意，不存在欺诈、胁迫等情形。若村书记在签订协议时受到不当影响，或协议内容显失公平，那么协议的效力可能会受到影响。
内容合法：
- 协议内容必须严格遵守法律法规的强制性规定，不得损害国家、集体和他人的合法权益。例如，协议中若涉及将农用地用于非农业建设且未办理相关审批手续，这样的条款将因违法而无效。
二、可能影响协议效力的特殊情形
超越权限范围：
- 如果村书记以个人名义签订合同，但所涉事务超出其个人职责或与村集体无关，那么该协议对村集体不具有约束力。例如，村书记未经授权以村集体名义为他人提供担保，这样的担保协议可能无效。
存在程序瑕疵：
- 对于涉及村民重大利益的事项，如土地承包经营方案、宅基地使用方案等，必须经过民主议定程序。若未履行该程序，可能导致协议无效。例如，在确定土地承包方案时，若未按照法定程序召开村民会议进行讨论和表决，直接与部分村民签订的土地承包合同可能存在效力问题。
恶意串通损害他人利益：
- 若村书记与他人恶意串通，签订损害村集体或其他村民利益的协议，该协议将被认定为无效。例如，村书记与某企业勾结，以极低的价格将村集体土地转让给企业，这种行为严重损害了村集体和其他村民的利益，协议自然无效。
三、协议效力的确认途径
协商解决：
- 当对协议效力产生争议时，双方可以首先尝试通过友好协商的方式解决。通过重新明确协议中的模糊条款或对不合理的部分进行调整，以达成共识。
调解处理：
- 若协商无果，可以请求乡镇人民政府、司法所等相关部门进行调解。这些部门具有专业的知识和丰富的经验，能够帮助双方分析协议的合法性和合理性，促使双方达成和解。
诉讼或仲裁：
- 如果协商和调解均无法解决问题，当事人可以向人民法院提起诉讼或根据协议中的仲裁条款申请仲裁。法院或仲裁机构将根据相关法律法规和事实情况，对协议的效力作出最终裁决。
总结与建议：村里合同只有书记签字并不一定有效，其效力取决于多种因素的综合考量。为了确保协议的合法性和有效性，建议在签订涉及村集体重大利益的协议时，务必遵循法律法规和村民自治章程，确保村书记获得必要的授权，并履行民主议定程序。若对协议效力存在疑问或争议，建议及时咨询专业的法律顾问或律师以获取准确的法律意见。