公司员工私自转移公司款项属于严重的违法行为，公司应立即采取法律措施进行应对，具体处理方式如下：
- 内部调查与证据固定
- 公司应首先启动内部调查程序，查明款项转移的具体情况，包括转移的时间、方式、金额以及涉及的员工等。
- 在调查过程中，公司应确保所有证据的完整性和真实性，如银行转账记录、员工操作记录、相关通讯记录等，这些证据将作为后续法律程序的重要依据。
- 与员工沟通与协商
- 在掌握一定证据后，公司可以尝试与涉事员工进行沟通，了解其转移款项的动机和目的，以及是否愿意归还款项并承担相应责任。
- 如果员工承认错误并愿意积极配合公司解决问题，公司可以考虑与其签订书面协议，明确还款计划、违约责任等条款，以避免后续纠纷。
- 报警与刑事追责
- 如果员工拒绝归还款项或公司认为其行为已构成犯罪，公司应立即向公安机关报案，并提供相关证据材料。
- 公安机关将依法进行调查取证，并根据调查结果决定是否立案侦查。如果员工被认定构成职务侵占罪、挪用资金罪等犯罪行为，将面临刑事追责，包括有期徒刑、罚金等刑罚。
- 民事追偿与损失挽回
- 除了刑事追责外，公司还可以通过民事诉讼途径向员工追偿损失。公司可以向法院提起诉讼，要求员工归还转移的款项并赔偿因此造成的损失。
- 在诉讼过程中，公司需要提供充分的证据证明员工的违法行为以及因此造成的损失，以便法院作出公正的判决。
- 完善内部管理制度与风险防范
- 公司应借此机会审视并完善内部管理制度，特别是财务管理和资金监管方面的制度，以防止类似事件再次发生。
- 公司可以加强对员工的法律培训和职业道德教育，提高员工的法律意识和道德水平，从源头上减少违法行为的发生。