结论前置：员工辞职时公司扣保险费是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若公司扣除的是员工个人应承担的保险费用部分，且该费用尚未从工资中扣除：

   • 合法性分析：根据《中华人民共和国社会保险法》及相关规定，员工有义务承担社会保险中个人应缴纳的部分。若员工在职期间，公司已为其垫付了个人应缴的保险费用，而该费用尚未从员工工资中扣除，那么在员工辞职时，公司有权从其未结算的工资或经济补偿中扣除这部分费用。
   • 建议：员工在辞职前，应与公司确认个人保险费用的缴纳情况，确保双方对费用扣除无异议。

2. 若公司扣除的是公司应承担的保险费用部分，或以“未满保险期”为由额外扣除费用：

   • 合法性分析：公司应承担社会保险中单位应缴纳的部分，这是公司的法定义务。公司不得以员工未满保险期为由，要求员工承担公司应缴纳的保险费用或额外扣除费用。这种行为违反了《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定。
   • 建议：若公司存在此类违法行为，员工有权向当地劳动监察部门投诉，或依法申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

3. 若双方在劳动合同或公司规章制度中有明确约定关于保险费用扣除的条款：

   • 合法性分析：若劳动合同或公司规章制度中明确规定了员工在辞职时需承担特定情况下的保险费用（如提前辞职需承担部分公司已垫付的保险费用），且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么该条款对双方具有约束力。但需注意，此类条款应合理且明确，不得损害员工的合法权益。
   • 建议：员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于保险费用扣除的部分，确保自己了解并同意相关约定。如有疑问，应及时向公司或法律专业人士咨询。

总结：员工辞职时公司扣保险费是否合法，需根据具体情况判断。若扣除的是员工个人应承担的部分且未从工资中扣除，则合法；若扣除的是公司应承担的部分或以“未满保险期”为由额外扣除，则违法；若双方有明确约定且不违反法律法规，则按约定执行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。