结论前置：劳动法并未规定企业可以因员工旷工一天而扣除三天工资，这种做法在大多数情况下是不合法的。
详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保障劳动者合法权益的基本法律条款，明确禁止了无故克扣工资的行为。
- 《工资支付暂行规定》第十六条也规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这一条款限制了用人单位因劳动者原因造成经济损失时的扣款范围，并未授权用人单位可以因旷工一天而扣除三天工资。
企业规章制度的合法性：
- 虽然企业有权制定内部规章制度来管理员工，包括旷工的处理方式和处罚措施，但这些规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定，内容不得违反法律、行政法规及政策规定，并且需要向劳动者公示或告知。
- 如果企业规章制度中的扣款规定显失公平，如“旷工一天扣三天工资”明显超过劳动者因旷工给企业造成的实际损失，那么这样的规定在司法实践中可能不会被完全支持，甚至可能被认定为无效。
合法的扣款方式：
- 如果劳动者旷工，企业可以依据合法有效的规章制度扣除其当天工资作为处罚，这是合理的。但超出当天工资的扣款，如扣除三天工资，则可能构成变相克扣劳动者工资，违反了劳动法的相关规定。
- 若旷工行为给企业造成了经济损失，企业可以按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿，但赔偿金额也需在法定范围内，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
劳动者的权益保护：
- 如果劳动者认为企业以旷工为由扣发过多工资，首先可以与企业进行协商，要求其按法律规定支付工资。
- 协商不成时，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令企业限期支付克扣的工资。
- 劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，可以进一步向人民法院提起诉讼。
总结与建议：
- “旷工一天扣三天工资”的做法缺乏明确的法律依据，且可能违反劳动法的相关规定，构成变相克扣劳动者工资。企业在制定相关规章制度时，应严格遵守法律法规，确保扣罚规定的合法性。
- 劳动者在面对不合理的扣罚时，应积极维护自己的合法权益，通过合法途径进行申诉或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。