劳动合同补充协议更改工时制度是否合理，需分情况讨论：
若补充协议更改工时制度符合法律规定且双方协商一致，则合理
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条至第三十八条的规定，工时制度主要包括标准工时制、不定时工作制和综合计算工时工作制。用人单位与劳动者协商一致，可以变更工时制度，但需确保变更后的工时制度不违反法律的强制性规定，如每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时，以及保证劳动者每周至少休息一日等。
- 实际操作：在签订劳动合同补充协议时，用人单位应与劳动者充分沟通，明确变更工时制度的具体内容、原因及可能对劳动者产生的影响。劳动者在充分了解并同意的情况下，签署补充协议，则变更工时制度的行为是合理的。
若补充协议更改工时制度违反法律规定或未经劳动者同意，则不合理
- 违法情形：如果用人单位未经劳动者同意，单方面通过补充协议更改工时制度，且变更后的工时制度违反了法律的强制性规定，如要求劳动者每日工作时间超过八小时、平均每周工作时间超过四十四小时，或者剥夺了劳动者每周至少休息一日的权利等，则这种变更是不合理的，也是违法的。
- 劳动者权益保护：劳动者有权拒绝执行违法的工时制度变更，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。用人单位若因此给劳动者造成损害的，还应承担赔偿责任。
额外建议：
- 审查补充协议内容：在签署劳动合同补充协议前，劳动者应仔细审查协议内容，特别是关于工时制度的变更部分，确保自己了解并同意变更后的工时制度。
- 保留证据：劳动者应保留好与用人单位沟通变更工时制度的相关证据，如邮件、短信、聊天记录等，以备不时之需。
- 及时咨询专业律师：如果劳动者对补充协议中的工时制度变更存在疑问或担忧，可以及时咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律后果。
可能产生的法律后果：
- 若变更合理：双方按照变更后的工时制度执行，劳动关系和谐稳定。
- 若变更不合理：劳动者有权拒绝执行，并可能因此获得经济补偿或赔偿；用人单位则可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁的败诉风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。