公司在运营过程中，若存在以下规定或行为，则可能不合法：

1. 公司设立方面

   • 股东资格与人数超出限制：有限责任公司由五十个以下股东出资设立，若股东人数超过此限制，则不符合《公司法》规定。例如，若某有限责任公司设立时股东人数达到六十人，则该设立行为不合法。
   • 注册资本不实：股东应按期足额缴纳认缴的出资额，若存在虚假出资或抽逃出资的行为，则属于违法行为。比如，股东承诺出资100万，但实际只出资50万，且未在规定期限内补足，这就构成了虚假出资。

2. 公司治理结构方面

   • 股东会（股东大会）程序违法：如修改公司章程、增减注册资本等重大事项未经三分之二以上表决权的股东通过，或者股东会会议未提前十五日通知全体股东（除非公司章程另有规定或全体股东另有约定），则这些程序上的违法可能导致相关决议无效。
   • 董事会或监事会组成不合法：股份有限公司董事会成员应为五人至十九人，若少于或多于此人数，则不合法。同时，监事会应包括股东代表和适当比例的职工代表，职工代表比例不得低于三分之一，若未达到此比例，则监事会组成不合法。例如，某股份有限公司董事会只有四人，这就违反了董事会成员人数的规定。
   • 财务负责人担任监事：财务负责人作为公司的高级管理人员，不得担任公司的监事，这是为了避免利益冲突和保证监事会的独立性。

3. 股份转让与发行方面

   • 发起人股份转让限制：股份有限责任公司的发起人持有的本公司股份，自公司成立之日起一年内不得转让。若发起人在此期限内转让股份，则属于违法行为。
   • 董事、监事、高级管理人员股份转让限制：这些人员在任职期间每年转让的股份不得超过其所持股份总数的百分之二十五，离职后半年内不得转让。若违反此规定，则可能面临法律责任。
   • 公司非法收购本公司股票：公司不得随意收购本公司股份，除非符合减少注册资本、公司合并、员工持股计划等特定情形。若公司非法收购本公司股票，则可能构成违法行为。

4. 公司运营与管理方面

   • 关联交易损害公司利益：控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员不得利用关联关系损害公司利益。若存在此类行为，则可能面临法律责任。例如，控股股东通过关联交易将公司资产转移至自己名下，这就损害了公司的利益。
   • 利润分配违法：公司分配当年税后利润时，应提取利润的百分之十列入法定公积金，直至累计额达到注册资本的百分之五十以上。若公司未按规定提取法定公积金，则属于违法行为。

5. 公司解散与清算方面

   • 解散事由未依法清算：公司出现法定解散事由时，应依法进行清算。若公司未依法进行清算，则可能面临法律责任。例如，公司因经营不善而解散，但未成立清算组进行清算，这就违反了《公司法》的规定。
   • 清算程序违法：清算组应在成立之日起十日内通知债权人，并在六十日内进行公告。债权人应在规定期限内申报债权。若清算组未按规定通知债权人或进行公告，或者债权人未在规定期限内申报债权而清算组未予处理，则这些清算程序上的违法可能导致清算结果无效或承担法律责任。

法律建议：

• 公司应严格遵守《公司法》的各项规定，确保公司设立、治理结构、股份转让与发行、运营与管理以及解散清算等各个方面的合法合规性。
• 公司应定期进行法律合规审查，及时发现并纠正可能存在的违法行为。
• 若公司面临法律纠纷或疑问，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和解决方案。

作为陈文金律师，我专注于合同纠纷、公司事务领域，若你有任何相关法律问题，欢迎直接向我咨询。