肇事车辆为公司所有时，交通事故的赔偿需根据事故责任认定及车辆使用性质，分情况确定赔偿主体和责任范围，具体分析如下：

1. 若肇事司机因执行工作任务发生事故（职务行为）
   根据《民法典》第1191条，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位（即公司）承担侵权责任。此时赔偿主体为公司，赔偿范围包括医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金、死亡赔偿金等法定项目，具体以事故责任认定书划分的责任比例为准。若司机存在故意或重大过失（如酒驾、逃逸），公司赔偿后可向司机追偿。

2. 若肇事司机非因执行工作任务发生事故（非职务行为）
   赔偿主体为司机个人，公司原则上不承担责任。但若公司存在过错（如车辆未年检、明知司机无驾照仍出借车辆），需根据《民法典》第1209条承担相应赔偿责任。例如，公司未尽到车辆管理义务导致事故，可能被认定需承担部分赔偿责任。

3. 若车辆存在保险（交强险+商业险）
   无论职务行为或非职务行为，保险公司均需在交强险限额内优先赔偿（医疗费1.8万元、死亡伤残18万元、财产损失0.2万元）。超出部分由商业险按合同约定赔偿，不足部分由责任方（公司或司机）补足。若司机无证驾驶、酒驾等，保险公司可能拒赔商业险，但交强险仍需垫付抢救费用并有权追偿。

建议行动步骤：

1. 立即报警并保留事故认定书，明确责任划分；
   
2. 收集医疗记录、费用单据、误工证明等证据；
   
3. 确认车辆保险情况（交强险+商业险条款）；
   
4. 若公司拒绝赔偿，可向法院起诉公司及保险公司，要求连带赔偿。
   

如有进一步细节（如司机是否在职、车辆使用性质等），可直接向我咨询，我会结合具体情形为您分析赔偿方案。