核心结论：员工发生工伤后若后期违法，工伤赔偿与违法处理是两个独立的法律程序，工伤赔偿一般不受员工后期违法的影响，但违法可能面临行政或刑事处罚。以下分情况详细说明：

1. 工伤赔偿的独立性
   根据《工伤保险条例》，员工因工作遭受事故伤害或患职业病，有权享受工伤保险待遇，包括医疗费、停工留薪期工资、伤残补助金等。工伤赔偿的认定和支付仅以工伤事实为依据，与员工后期是否违法无关。即使员工在工伤后因其他行为被追究法律责任，其已认定的工伤待遇仍应依法支付。

2. 员工违法行为的法律后果

   • 行政处罚：若员工违法行为违反《治安管理处罚法》（如打架斗殴、盗窃等），可能面临警告、罚款、拘留等行政处罚，但不影响工伤赔偿。
     
   • 刑事责任：若员工行为构成犯罪（如故意伤害、职务侵占等），需承担刑事责任（如有期徒刑、罚金等）。刑事处罚与工伤赔偿无直接关联，但若员工因犯罪被追究刑事责任导致劳动合同解除，用人单位可能无需支付经济补偿金（但工伤赔偿仍需支付）。

3. 特殊情形：工伤与违法行为的关联性

   • 工伤认定阶段：若员工在工伤事故中存在故意犯罪、醉酒或吸毒、自残或自杀等情形，根据《工伤保险条例》第16条，不得认定为工伤，自然无法享受工伤赔偿。
     
   • 工伤后违法行为导致伤残加重：若员工工伤后因违法行为（如再次受伤）导致伤残等级变化，需重新鉴定伤残等级，但原工伤赔偿部分仍按原标准执行，新增伤残部分可能需通过其他途径（如民事赔偿）解决。

4. 用人单位的应对建议

   • 区分处理：对工伤赔偿和员工违法行为分别处理，工伤赔偿按《工伤保险条例》执行，违法行为按《治安管理处罚法》或《刑法》处理。
     
   • 劳动合同解除：若员工违法行为严重违反用人单位规章制度（如被追究刑事责任），用人单位可依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同，但需支付已发生的工伤待遇（如一次性伤残就业补助金等）。
     
   • 证据保留：用人单位应保留员工违法行为的证据（如公安机关处罚决定书、法院判决书等），以备后续处理争议时使用。

总结：工伤赔偿与员工后期违法行为无直接因果关系，工伤待遇应依法支付，但违法行为可能引发行政或刑事责任。若您遇到具体案件，可进一步向我咨询细节，我会结合案情为您分析法律风险及应对方案。