针对您提出的“被保险人溺亡，排除他杀，但不能证明是否为自杀，保险公司是否应当赔偿”的问题，这确实是一个涉及保险合同条款和法律规定的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、总体原则
保险公司是否承担赔偿责任，主要取决于保险合同的具体约定以及《中华人民共和国保险法》的相关规定。在无法证明被保险人溺亡是否为自杀的情况下，我们需要根据保险合同的类型和条款来进行分析。
二、人寿保险合同的情况
合同成立或效力恢复之日起二年内：
- 如果被保险人是在人寿保险合同成立或效力恢复之日起二年内溺亡，且无法证明是否为自杀（除非被保险人为无民事行为能力人），根据《中华人民共和国保险法》第四十四条，保险公司通常不承担给付保险金的责任。但在此情况下，保险公司应按合同约定退还保险单的现金价值。
合同成立或效力恢复之日起二年后：
- 若被保险人在合同成立或效力恢复之日起二年后溺亡，且合同中未明确排除自杀作为赔付原因（尽管在此案例中无法证明是否为自杀），从法律原则和保险风险分散的角度来看，如果合同未将自杀明确列为免责事由，且经过两年时间可合理推断非恶意骗保，保险公司可能需要按照合同约定给付保险金。但具体还需根据合同条款和实际情况判断。
合同条款的特别约定：
- 需要注意的是，有些保险合同可能针对自杀情况有特别约定，如设置等待期、免赔额或特定赔付条件等。因此，在判断保险公司是否应赔偿时，必须仔细审查合同条款。
三、非人寿保险合同的情况
- 对于意外伤害保险等非人寿保险合同，由于它们主要保障的是外来的、突发的、非本意的和非疾病的客观事件导致的伤害，被保险人溺亡（无论是否自杀）通常不属于这些保险的保障范围，除非合同中有特别约定。在此案例中，由于无法证明是否为自杀，但自杀本身不属于意外伤害的范畴，因此保险公司一般不会承担赔偿责任。
四、实际操作建议
仔细审查合同条款：
- 在购买保险时，务必仔细阅读保险合同的各项条款，特别是关于免责和赔付范围的约定。这有助于您了解保险产品的具体保障内容，并在需要时准确判断自己的权益。
咨询专业律师或保险顾问：
- 对于复杂的保险赔付问题，建议咨询专业的律师或保险顾问。他们可以根据您的具体情况和保险合同条款，为您提供准确的法律意见和赔付建议。
及时报案和申请理赔：
- 在被保险人发生不幸后，应及时向保险公司报案并按照要求提交相关理赔材料。尽管在此案例中无法证明是否为自杀，但及时报案和申请理赔是维护自己权益的重要步骤。
五、结论
综上所述，对于被保险人溺亡且无法证明是否为自杀的情况，保险公司是否应当赔偿取决于保险合同的具体约定和法律规定。在人寿保险合同中，如果合同成立或效力恢复之日起二年内且无法证明非自杀（除非被保险人为无民事行为能力人），保险公司通常不赔但需退还现金价值；二年后则需根据合同条款判断。在非人寿保险合同中，由于自杀不属于意外伤害范畴，保险公司一般不会承担赔偿责任。因此，在购买保险和申请理赔时，请务必仔细审查合同条款并咨询专业意见。