关于甲方合同有问题时招标代理费是否可以退的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来分析。以下是我从不同角度为你提供的详细解答：

1. 合同问题的性质与影响：

   • 首先，需要明确甲方合同中的“问题”具体是什么。是合同条款的瑕疵、合同内容的违法性，还是合同签订过程中的程序问题？不同的问题性质，对招标代理费是否可退的影响是不同的。
   • 如果合同问题导致合同无效或被撤销，那么基于该合同产生的招标代理费，理论上是可以要求退还的，因为合同无效或被撤销后，双方应恢复原状，即返还因合同而取得的财产。

2. 招标代理费的支付依据：

   • 招标代理费通常是基于招标代理合同而支付的。如果招标代理合同本身没有问题，且招标代理服务已经提供，那么即使甲方合同有问题，招标代理费也可能因为已经履行的服务而难以退还。
   • 但如果招标代理合同与甲方合同存在关联，且甲方合同的问题直接影响了招标代理合同的履行或目的实现，那么招标代理费的可退还性就会增加。

3. 双方协商与法律途径：

   • 在任何情况下，双方都可以尝试通过协商来解决争议。如果甲方认为合同有问题且招标代理费应退还，可以与招标代理机构进行沟通，看是否能达成一致意见。
   • 如果协商无果，甲方可以考虑通过法律途径来解决。这可能包括起诉招标代理机构要求退还招标代理费，或者申请仲裁（如果双方有仲裁协议的话）。

4. 具体案例与法律适用：

   • 在实际操作中，每个案例的具体情况都是不同的。因此，要准确判断招标代理费是否可退，还需要结合具体的合同条款、法律规定以及案件事实来进行分析。
   • 例如，如果甲方合同因违反法律法规而被认定无效，且招标代理机构在提供服务时明知或应知该合同违法，那么甲方要求退还招标代理费的请求可能会得到法院的支持。

建议：

• 如果你认为甲方合同有问题且招标代理费应退还，我建议你首先仔细审查招标代理合同和甲方合同的相关条款，以及相关的法律法规。
• 然后，尝试与招标代理机构进行协商，看是否能达成一致意见。
• 如果协商无果，你可以考虑咨询专业律师（当然，你可以直接向我咨询，我专注于合同纠纷领域），以便更准确地评估你的权益和可能的法律途径。

希望以上解答能对你有所帮助。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。