结论前置：劳动合同中规定未做满12个月扣伙食费、住房补贴，这一条款的合法性需分情况讨论，一般情况下，这种规定是不合法的，但若符合特定条件，如双方协商一致且不违反法律法规强制性规定，则可能被认定为合法。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的不合法性分析
违反劳动法基本原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利、休息休假的权利等。劳动合同中的扣款条款若侵犯了劳动者的这些基本权利，则可能被视为违法。
- 伙食费和住房补贴通常被视为劳动者劳动报酬的一部分或福利待遇，用人单位无权随意扣除。
未做满期限扣款的合理性问题：
- 劳动合同中约定未做满一定期限就扣除伙食费、住房补贴，这种约定往往缺乏合理性。劳动者未做满期限可能有多重原因，如个人原因、用人单位原因等，不能一概而论地通过扣款来惩罚劳动者。
- 即使劳动者因个人原因提前离职，用人单位也应通过合法途径（如协商、仲裁等）来处理相关事宜，而非单方面扣款。
二、特定条件下的合法性分析
双方协商一致：
- 如果劳动合同中的扣款条款是双方协商一致的结果，且劳动者在签订合同时明确知晓并同意这一条款，那么该条款在形式上可能被视为合法。
- 但即使如此，该条款的内容仍需符合法律法规的强制性规定，不能侵犯劳动者的基本权利。
不违反法律法规强制性规定：
- 劳动合同中的扣款条款必须遵守国家法律法规的强制性规定。如果条款内容违反了法律法规的禁止性规定（如最低工资标准、社会保险缴纳等），则该条款无效。
- 在本例中，若扣款条款导致劳动者的实际收入低于当地最低工资标准或侵犯了其他法定权益，则该条款显然违法。
三、法律建议与风险提示
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资、福利待遇、扣款等方面的约定。
- 如发现合同中存在不合理的扣款条款，应及时与用人单位协商修改或拒绝签订。
- 若已签订含有不合理扣款条款的劳动合同，且用人单位实际执行了扣款行为，劳动者可以通过劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 在制定劳动合同条款时，应遵守国家法律法规的强制性规定，尊重劳动者的基本权利。
- 避免设置不合理的扣款条款，以免引发劳动争议和法律风险。
- 如需通过扣款等方式来约束劳动者的行为，应确保条款内容合法、合理且经过双方协商一致。
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