针对您提出的“虚开普通发票金额巨大，开票员怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律严肃性的重要议题。以下是我根据相关法律法规及司法实践，为您提供的详细解答：
一、法律定性
首先，需要明确的是，虚开普通发票（尽管此处提及的是普通发票，但若涉及用于骗取出口退税、抵扣税款等特定目的，其法律后果与虚开增值税专用发票相似）且金额巨大的行为，是严重的违法行为，将受到法律的严厉制裁。这种行为不仅损害了国家的税收利益，也破坏了公平的市场经济秩序。
二、法律后果
刑事处罚：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开发票（包括普通发票，若用于非法目的）数额巨大的，开票员作为直接责任人员，将可能面临十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产的严厉刑事处罚。具体量刑会根据虚开的税款数额、情节严重程度以及被告人的悔罪表现等因素综合考量。
行政处罚：
- 除了刑事处罚外，开票员还可能受到行政处罚，如罚款、吊销相关执业资格等。这些处罚旨在进一步惩戒违法行为，维护市场秩序。
税收追缴：
- 税务部门有权对虚开发票行为造成的税收损失进行追缴，确保国家税收不受损失。这意味着，开票员及其所在单位可能需要承担补缴税款、滞纳金等经济责任。
三、具体处理流程
立案侦查：
- 一旦发现虚开发票行为，税务机关或公安机关将依法立案侦查，收集相关证据，查明事实真相。
刑事诉讼：
- 若证据确凿，开票员将被依法提起公诉，接受法院的审判。在审判过程中，法院将根据法律规定和案件具体情况，对开票员进行公正、合理的量刑。
执行刑罚：
- 若开票员被判有罪，将依法执行刑罚，包括有期徒刑、罚金或没收财产等。同时，其个人信用记录也将受到严重影响，可能对其未来的生活和工作产生长期不利影响。
四、防范建议
为了避免类似法律风险，我建议您和您的单位采取以下措施：
加强法律意识：
- 定期组织员工参加税法培训，提高员工的税收法律意识，确保所有交易的真实性和合法性。
完善内控制度：
- 建立健全的财务制度和内控制度，规范发票的开具和接收流程，防止虚开发票行为的发生。
积极配合审计：
- 主动接受税务部门的审计和监督，及时发现并纠正可能存在的问题，确保合规经营。
建立举报机制：
- 鼓励员工举报违法违规行为，及时发现并处理潜在的税收风险，共同维护一个公平、公正、健康的税收环境。
综上所述，虚开普通发票金额巨大的行为将受到法律的严厉制裁。作为开票员，务必严格遵守相关法律法规，避免触碰法律红线。若已涉及此类行为，建议尽快向相关部门自首并积极配合调查处理，以争取从轻或减轻处罚。