执行案件裁定终本，并不能直接认定申请执行人的损失已经发生。以下是对此问题的详细分析：
一、终本裁定书的法律意义
终本裁定书，即终结本次执行程序的裁定书，是法院在执行过程中，因被执行人暂无财产可供执行或财产不足以清偿全部债务，且申请执行人未能提供其他可供执行的财产线索，法院依法裁定终结本次执行程序的一种法律文书。它并不意味着执行程序的完全终结，而是暂时中止，待发现被执行人有可供执行的财产时，申请执行人可以申请恢复执行。
二、损失发生的认定标准
损失的发生，通常指的是因某种原因导致财产或权益的减少或丧失。在执行案件中，申请执行人的损失发生，一般应理解为因被执行人未履行生效法律文书确定的义务，导致申请执行人无法获得应得的财产或权益。然而，终本裁定书的作出，并不直接等同于申请执行人的损失已经发生。因为：
终本不等于执行不能：终本裁定书只是表明当前执行程序无法继续进行，但并不意味着被执行人永远无财产可供执行。一旦发现被执行人有新的财产线索，执行程序可以恢复。
损失需实际发生：损失的发生需要是实际且确定的。在终本裁定书作出时，申请执行人并未因被执行人的行为而直接遭受财产或权益的减少或丧失。其损失的发生，需待执行程序最终无法恢复，且被执行人确实无财产可供执行时，方可认定。
三、终本后申请执行人的权利与义务
权利：申请执行人在终本裁定书作出后，仍享有申请恢复执行的权利。一旦发现被执行人有可供执行的财产，可以随时向法院申请恢复执行。
义务：申请执行人也有义务积极提供被执行人的财产线索，协助法院执行。若因申请执行人未提供财产线索而导致执行程序无法继续，其可能需承担一定的不利后果。
四、特殊情况下的损失认定
在某些特殊情况下，如被执行人明确表示无财产可供执行，且法院经调查也未发现其有可供执行的财产，同时申请执行人亦无法提供其他财产线索的，此时可以认为申请执行人的损失已经发生。但这种情况下的损失认定，需严格依据相关法律法规和司法解释进行，并需经过法院的审查确认。
综上所述，执行案件裁定终本并不能直接认定申请执行人的损失已经发生。申请执行人应继续关注被执行人的财产状况，一旦发现可供执行的财产线索，应及时向法院申请恢复执行。若您在执行案件中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。