在集体土地上未经批准擅自建造厂房的，其处罚依据主要来源于《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，具体处罚措施需根据违法情节的严重程度来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国土地管理法》：
- 第七十七条：未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 第七十八条：农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。超过省、自治区、直辖市规定的标准，多占的土地以非法占用土地论处。虽然此条主要针对的是住宅，但非法占用土地建厂房的行为性质类似，同样会受到严厉处罚，且厂房建设往往涉及的土地面积更大，情节更严重。
《中华人民共和国土地管理法实施条例》：
- 第五十七条：依照《土地管理法》第七十七条的规定处以罚款的，罚款额为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。这一条款为具体的罚款标准提供了依据。
二、处罚措施
责令退还非法占用的土地：
- 这是最基本的处罚措施，要求违法者将非法占用的土地恢复原状，交还给原土地所有者或使用者。
限期拆除或没收新建的建筑物和其他设施：
- 如果违法占用土地的行为违反了土地利用总体规划，且擅自将农用地改为建设用地，那么违法者将被责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并恢复土地原状。
- 如果违法占用土地的行为符合土地利用总体规划，那么违法者新建的建筑物和其他设施可能会被没收。
罚款：
- 根据违法情节的严重程度，违法者可能会被处以罚款。罚款的具体数额将依据非法占用土地的面积和当地的罚款标准来确定，通常为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。
行政处分或刑事责任：
- 对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分。
- 如果违法占用土地的行为构成犯罪，如非法占用农用地罪等，那么违法者将依法追究刑事责任。
三、实际案例与法律建议
在实际操作中，因在集体土地上未经批准擅自建造厂房而受到处罚的案例屡见不鲜。例如，某企业未经批准在集体土地上建造了厂房，结果被相关部门责令拆除并罚款。这不仅给企业带来了经济损失，还影响了企业的正常运营。
因此，我建议企业在建造厂房前，务必先了解并遵守相关法律法规，确保土地使用合法合规。如果确实需要占用集体土地进行建设，应提前向相关部门申请批准，并按照批准的内容进行建设。如果遇到法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。