在破产案件中，土地出让金的计算需结合土地权属状况、出让合同履行情况及破产财产处置方案综合确定，具体分为以下几种情形：

1. 土地使用权已全额缴纳出让金且未违约
   若破产企业已按《国有建设用地使用权出让合同》约定全额缴纳土地出让金，且不存在逾期开发、改变用途等违约情形，则土地使用权价值以评估市场价为准，出让金无需重新计算。管理人可依法通过拍卖、变卖或协议转让等方式处置土地，所得价款优先清偿抵押权人后纳入破产财产分配。

2. 土地使用权未缴清出让金或存在违约

   • 未缴清出让金：根据《企业破产法》第42条，欠缴的土地出让金属于共益债务，管理人应优先从破产财产中补缴。若土地已设定抵押，抵押权人可主张就拍卖价款优先受偿，但需以补缴出让金后的剩余价值为限。
     
   • 违约情形：如逾期开发导致土地被收回，或改变用途需补缴差价，出让金计算需依据自然资源部门出具的《补缴通知》或行政处罚决定。此时土地使用权可能被撤销或价值减损，管理人应与相关部门协商处置方案。

3. 土地使用权系划拨取得
   若破产企业土地为划拨性质（如政府无偿拨付），根据《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第47条，管理人需补缴出让金后方可转让。补缴标准通常为评估市场价的40%-60%（具体比例由地方政府规定），所得价款优先支付破产费用后，剩余部分纳入破产财产。

4. 土地使用权已设定抵押
   抵押权人可依据《民法典》第390条主张优先受偿，但需注意：

   • 若土地出让金未缴清，抵押权效力仅及于已缴纳部分对应的价值；
     
   • 若土地被认定为“闲置”，抵押权可能因政府收回土地而受限，此时需通过协商或诉讼确定补偿范围。

实务建议：

• 管理人应第一时间核查土地权属证书、出让合同及缴费凭证，必要时委托专业机构评估；
  
• 与自然资源部门、抵押权人保持沟通，避免因程序瑕疵导致处置无效；
  
• 涉及复杂情形（如土地置换、合作开发），建议提前制定多套处置方案并报债权人会议表决。
  

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步向我说明细节，我将结合实务经验为您分析。