担保人偿还债务后与债权人在法院签订协议，担保人确实能主张追偿权，并且在特定条件下可以主张代位权。以下是对这一问题的详细分析：
一、追偿权的主张
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第三百九十二条，提供担保的第三人承担担保责任后，有权向债务人追偿。
- 《中华人民共和国民法典》第七百条也明确规定，保证人承担保证责任后，除当事人另有约定外，有权在其承担保证责任的范围内向债务人追偿，享有债权人对债务人的权利，但是不得损害债权人的利益。
行使条件：
- 担保人已实际承担担保责任，即已经按照约定或法律规定，代债务人向债权人清偿了债务。
- 无特别约定排除追偿权。如果担保人与债务人或债权人之间有特别约定，排除了担保人的追偿权，则担保人不能行使追偿权。但这种情况较为少见，且通常需要在合同中明确约定。
追偿范围：
- 担保人追偿的范围通常包括其实际承担的担保责任金额，以及因承担担保责任而产生的合理费用（如诉讼费、律师费等）。
- 如果担保人在承担担保责任时，与债务人或债权人之间有关于追偿范围的特别约定，则应按照约定执行。
追偿方式：
- 担保人可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式向债务人追偿。在追偿过程中，担保人应保留好相关证据，以便在需要时证明自己的追偿权。
二、代位权的主张
法律依据：
- 担保人在承担担保责任后，除了享有追偿权外，还享有债权人对债务人的权利，这在一定程度上体现了代位权的性质。虽然《民法典》中并未直接使用“代位权”这一术语来描述担保人的这一权利，但担保人在承担担保责任后，确实可以行使债权人对债务人的部分权利，如要求债务人履行债务、要求债务人承担违约责任等。不过，这里的“代位权”并非严格意义上的债权人代位权，而是担保人因承担担保责任而获得的对债务人的权利。
- 若要从严格法律意义上讨论代位权，通常指的是债权人的代位权，即当债务人怠于行使其对第三人的权利而危害债权实现时，债权人享有以自己名义代位行使债务人对第三人的权利的权利。但在担保人偿还债务的情境下，担保人并非以债权人的身份行使代位权，而是基于其已承担的担保责任而享有的对债务人的权利。不过，在担保人承担担保责任后，若债务人还有其他债权人，且担保人因承担担保责任而使得其对债务人的债权优先于其他债权人时，担保人在行使权利时需注意不得损害其他债权人的利益。
行使条件与限制：
- 担保人行使对债务人的权利时，需确保不损害债权人的利益。
- 若涉及多个债权人，担保人需遵守相关法律规定，确保公平合理地行使权利。
三、实际操作中的注意事项
- 及时行使权利：担保人应在承担担保责任后及时行使追偿权和对债务人的权利，以免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
- 保留证据：担保人应妥善保留所有与代偿债务相关的证据和材料，如代偿凭证、债务合同、担保合同等，以证明其已经履行了担保义务并有权进行追偿。
- 明确权利范围：担保人应根据具体的法律规定和合同条款来确定追偿的范围和方式，以及行使对债务人权利的具体内容，避免盲目行使导致不必要的法律纠纷。
总结来说，担保人偿还债务后与债权人在法院签订协议，担保人确实能主张追偿权，并且在特定条件下（如不损害债权人利益）可以主张对债务人的相关权利（这些权利在性质上类似于代位权，但并非严格意义上的债权人代位权）。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。