若代持股份协议中未明确约定亏损承担方式，双方可通过协商补充约定；协商不成，则需根据法律规定及实际情况综合判断责任归属。以下从不同角度展开分析：

1. 协议优先原则
   根据《民法典》第五百一十条，合同生效后若未约定或约定不明，双方可协议补充。因此，第一步应优先与实际出资人（委托方）或名义股东（受托方）协商补充亏损承担条款，明确责任比例或分担方式（如按出资比例、过错程度等）。协商内容可包括：亏损范围（如经营性亏损、市场风险导致的贬值）、分担时限、追偿机制等。

2. 法律推定规则
   若协商未果，需结合代持关系本质判断：

   • 名义股东责任：作为工商登记股东，名义股东可能被认定为对外承担责任的主体。但若其能证明实际出资关系（如代持协议、转账记录等），可向实际出资人追偿。
     
   • 实际出资人责任：根据《公司法司法解释（三）》第二十四条，实际出资人与名义股东的纠纷通常按内部关系处理。若亏损因实际出资人决策导致（如指示名义股东投票支持高风险项目），实际出资人可能需承担主要责任；若因名义股东过错（如擅自处分股权、未履行股东义务），则名义股东需担责。
     
   • 混合过错情形：若双方均有过错（如名义股东未及时告知风险，实际出资人未监督），可能按过错比例分担亏损。

3. 实务建议

   • 证据固定：立即收集代持协议、出资凭证、公司决策记录、亏损审计报告等材料，以证明各方行为与亏损的因果关系。
     
   • 风险隔离：若名义股东担心对外承担连带责任，可要求实际出资人提供担保（如抵押、保证）或签署承诺函，明确最终责任归属。
     
   • 公司层面操作：若亏损涉及公司减资、解散等程序，需按《公司法》规定履行通知债权人、清算等义务，避免因程序瑕疵扩大责任。

总结：代持协议未约定亏损时，优先协商补充；协商不成则需结合过错、因果关系等综合判断责任。建议双方尽快固定证据、明确风险分担机制，必要时通过诉讼或仲裁解决争议。如有进一步细节（如亏损原因、代持协议具体条款等），可向我补充说明，我会为您细化分析。