针对您提出的“已经立案了公司注销了怎么办”的问题，这是一个涉及法律程序和诉讼主体变更的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、公司注销后的基本法律后果
法人资格终止：公司一旦注销，其法人资格即告终止，这意味着公司不再具备诉讼主体资格。因此，当法院在立案后发现公司已被注销，通常会先中止相关的民事诉讼程序。
诉讼主体变更：
- 未经依法清算即注销：若公司在未依法完成清算程序的情况下就办理了注销登记，法院在处理此类案件时，往往会将公司的股东、发起人或出资人视为新的诉讼主体，继续参与诉讼。这是因为这些人员可能需要对公司未清偿的债务承担责任。
- 已依法清算并注销：如果公司已经依法完成了清算程序并办理了注销登记，原则上公司的债务应被视为已处理完毕。但若存在未了结的债务或纠纷，法院可能会将从公司取得清算资产的股东视为诉讼主体，要求其承担相应的法律责任。
二、法院的具体处理流程
中止诉讼与确定新诉讼主体：
- 法院在发现公司注销后，会首先中止诉讼程序。
- 接着，法院会根据《中华人民共和国民法典》及《最高法院关于民事诉讼法的解释》的相关规定，确定新的诉讼主体，以确保诉讼的连续性和保护相关当事人的合法权益。
恢复诉讼并作出裁决：
- 在确定了新的诉讼主体后，法院会恢复诉讼程序。
- 双方当事人需在庭审中就案件事实和法律适用进行辩论。
- 法院会根据审理结果和现有证据材料，依法作出裁决。
特殊情况的处理：
- 如果公司注销登记存在违法情形，如注销程序不符合法律规定或恶意注销以逃避债务，法院可能会撤销该注销登记，并责令公司恢复原状，以便进行后续的法律程序。
- 对于虚假清算报告或清算程序存在瑕疵的情况，法院会根据具体情况判定相关责任人的责任范围，并要求其承担相应的赔偿责任。
三、实际案例与应对建议
- 未经依法清算即注销的案例：假设公司尚欠您一笔货款，且公司股东在未依法清算的情况下注销了公司。在这种情况下，您可以起诉公司的股东，要求他们承担清偿责任。如果法院查明股东确实存在未依法清算导致公司债务无法清偿的情形，可能会判决股东向您支付货款及相应利息。
- 已依法清算但存在瑕疵的案例：如果公司清算程序存在一些小的瑕疵，但不影响债务的实际处理和您的权益，法院可能会要求相关清算人员进行说明或补充完善相关材料。若最终能够证明公司注销前已妥善处理债务，法院会驳回您不合理的诉求；若瑕疵影响到债务处理认定，法院会进一步审查相关责任人的责任。
四、建议与总结
- 及时咨询专业律师：面对公司注销后立案的情况，建议您及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的法律后果。
- 准备充分证据材料：为了支持您的诉求，您需要准备充分的证据材料，如合同、发票、付款记录等，以证明您的权益和公司的债务情况。
- 积极配合法院程序：在诉讼过程中，您需要积极配合法院的程序要求，如出庭、提供证据等，以确保诉讼的顺利进行。
综上所述，立案后公司注销的处理方式是一个复杂且细致的过程，需要法院根据具体案件情况和相关法律法规进行综合判断和处理。在此过程中，确保诉讼的顺利进行和保护相关当事人的合法权益是法院的首要任务。希望以上解答能对您有所帮助。