在行政机关立案后公司注销的，行政机关仍可继续调查处理，相关责任可能由公司股东、清算义务人等承担。具体分析如下：
行政机关的调查处理权不因公司注销而终止
根据《行政处罚法》第三十六条及《公司法》相关规定，公司注销后，若行政机关已立案调查且发现违法行为，仍可继续调查程序。行政机关可依法将公司股东、发起人或出资人列为被调查对象，要求其配合调查并承担相应责任。例如，若公司通过虚假清算报告骗取注销登记，行政机关可撤销注销登记并恢复公司主体资格，继续追究其行政责任。
公司股东或清算义务人的责任承担
- 清算义务人责任：若公司未经依法清算即办理注销登记，导致行政机关无法追责的，清算义务人（通常为股东或董事）需承担赔偿责任。根据《公司法司法解释（二）》第二十条，清算义务人需在造成损失范围内对公司债务（包括行政罚款）承担赔偿责任。
- 股东连带责任：若公司注销后发现存在未清偿债务（如行政罚款），股东在分配剩余财产范围内需承担连带清偿责任。若股东存在恶意注销、隐匿财产等行为，行政机关可依法追究其个人责任。
行政机关的具体处理方式
- 恢复主体资格：若公司注销存在瑕疵（如虚假清算），行政机关可向市场监管部门申请撤销注销登记，恢复公司主体资格后继续处罚。
- 直接追责股东：若公司已合法注销但存在违法行为，行政机关可直接将股东列为被处罚人，要求其缴纳罚款或承担其他行政责任。
- 移送司法机关：若违法行为涉嫌犯罪（如逃税、环境污染），行政机关可将案件移送公安机关，追究相关责任人的刑事责任。
建议：若您作为公司股东或清算义务人面临此类情况，需立即整理公司注销前的财务记录、清算报告等材料，评估是否存在违法清算行为。如有疑问，可直接向我咨询具体应对方案。