若在起诉公司但尚未立案期间，发现公司已注销，您仍可通过法律途径维护自身权益，具体处理方式如下：

1. 确认公司注销的合法性及清算责任人
   根据《公司法》第183条及《最高人民法院关于适用〈公司法〉若干问题的规定（二）》第18-20条，公司注销前需依法完成清算程序。若公司未经合法清算（如未通知债权人、虚假清算报告等），您可追究清算组成员（通常为股东、董事或实际控制人）的赔偿责任。

   • 操作建议：立即向市场监管部门调取公司注销档案，重点核查清算报告、债权人公告记录等材料，确认清算程序是否合法。

2. 变更诉讼主体，直接起诉清算责任人
   若公司已注销且清算程序违法，您可在诉讼中申请将被告变更为清算责任人。根据司法实践，即使原公司已注销，债权人仍有权要求清算责任人承担未清偿债务的赔偿责任。

   • 法律依据：《公司法司法解释二》第20条明确规定，清算组成员因故意或重大过失给债权人造成损失的，需承担赔偿责任。

3. 申请恢复公司主体资格（特殊情形）
   若公司注销存在严重违法（如恶意注销逃避债务），您可向法院申请强制恢复公司主体资格，再以公司为被告继续诉讼。但此路径需满足严格条件（如注销程序存在根本性违法），实践中适用较少。

   • 风险提示：恢复主体资格需通过行政诉讼或特别程序，周期较长且证据要求高，建议优先选择追究清算责任人。

4. 同步处理财产保全与执行问题
   若公司注销前已转移财产，您需在诉讼中申请财产保全，并要求法院调查公司注销前的资金流向。若清算责任人存在抽逃出资、隐匿财产等行为，可依据《刑法》第162条之一（妨害清算罪）向公安机关报案。

行动建议：

1. 立即委托律师调取公司工商内档，分析清算程序合法性；
   
2. 根据证据情况，选择起诉清算责任人或申请恢复公司主体；
   
3. 若涉及财产转移，同步向法院申请调查令并考虑刑事报案。
   

公司注销不意味着债务消灭，关键在于清算程序是否合法。您的情况仍有救济空间，但需尽快行动以避免证据灭失。如有进一步疑问或需协助调取证据，可直接向我咨询具体操作方案。